经常跑程序会遇到各种各样的错误，经总结错误原因如下：
1. 错误使用文档格式，在Windows下写的代码使用编辑器时，一定要把编码格式设置为unix.
或者使用dos2unix file转换文档格式为unix.
2. 文字乱码
设置编码格式为utf8.
如果源文件格式不正确，可以手动修改，一般常用的是utf8和GB2312。尽量使用UTF-8
3. 使用最新的稳定版本的软件，
许多时候，可能会由于软件的老版本或者是beta版本，如果找不到解决方法（包括但不限于Google，StackOverflow，biostar等），直接联系作者邮箱。一般情况下，会很快得到答复。
4. 英文拼写错误，单词或命令字符不正确。
5. 数据结构不正确，例如：for循环结构缺失do或者done，
6. 要读取的文件名有误
- 文件名不正确
- 路径不正确
- 没有对应文件的访问权限
7. 缺少运行环境
- 缺少Java环境，或者Java版本不合适
- 软件依赖问题，没有正确解决
- 软件的运行环境没有被正确配置，例如：没有把命令添加到环境目录，或者是添加的是临时目录。
8. 软件提示命令不正确
- 命令书写有误
- 新版本的软件命令已经修改，注意软件最新版本的命令变化
- 没有正确配置软件环境变量（command no found）
9. 程序不报错，但是文件目录不正确
- 注意命令中是否覆盖前面生成的文件，rm删除操作前，一定要检测后续文件的正确性
- 服务器文件系统或CPU不足以使用，可能会有些程序同时的读写量比较大，会造成错误。降低使用的进程数即可。例如：STAR
- 文件读写权限，目录读写权限。
