1. 背景介绍
韦恩图(Venn diagram),是用于展现集合之间大致关系的一类图形,常见于多个或多组样本共有或特有信息的可视化展示。其中,圆形或椭圆形重合部分(overlap区域)就是集合与集合元素的交集(共有部分),非重叠部分即为特定集合的特有元素(独有部分)。韦恩图常用于微生物组研究(扩增子测序、宏组学研究)及转录组相关研究中。
工具链接:http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/Venn
2. 操作方法
操作界面
2.1. 参数设置
l 展示模式(Display mode): Arial或Sens-seirf
l 字体选择(Font family):Arial 或Sens-seirf 或Serif 或Monospace
l 字体大小(Font size):8px 9px 10px 11px 12px 13px 14px
l 是否需要根据统计列表显示统计信息:是 或 否
l 是否显示开关按钮面板(如提供三个以上列表):是 或 否
l 是否用问号(?)代替交叉点计数大小:是 或 否
l 选择列表中的元素: 输入元素名
2.2. 信息上传
有三种文件录入方式进行VENN图的绘制:
2.2.1. 直接粘贴:将对应每个分组(样品名或分组名)中包含的元素直接粘贴到对应的List列表中;在对应样品名或分组名的文本框中,可直接修改样本名/分组名。如下图示:
数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:
2.2.2. 单文件上传(适用于一组内只有一个样本的分析):
第一步:定义上传参数
> 分隔方式: 制表符;逗号;分号
>使用第一行作为标题:是 否
第二步:浏览并选择文件:这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:
数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图:
2.2.3. 元素文件及分组文件上传(适用于一组包含多个样本信息的分析)
第一步:上传元素列表。这里的文件格式为txt格式,首行为样本名/分组名,每列为对应样本名/分组名包含的元素信息。如图示:
第二步:上传分组列表。这里的文件格式为txt格式,每一行为一组,一行内包含每组的每个样本名称信息,样本间可以用逗号分隔开,如图示:
数据上传后,将在左侧做图框,直接展现venn图及对应列的统计柱状图
2.3. 作图调整
2.3.1. 颜色调整:点击对应分组名或样本名后的色块,可以直接调整该列显示的作图颜色,点击选择颜色,对应列展示的颜色会自动调整为选择的颜色:
2.3.2. 元素构成展现:
在Venn图中点击对应色块位置,会在左下方提示框中显示该色块内包含的元素构成
2.4. 结果导出:
点击Venn 图右上角按钮,可以选择以PNG、SVG或CSV列表格式导出venn图分析图片及分析结果列表。
其中CSV列表中,包含全部样本组的共有与特有元素信息,如图示(局部):