1. 背景介绍
菌种鉴定是微生物学研究中经常需要使用的工具，在确定菌株系统发育地位、进行基因组测序前都需要进行菌种鉴定。
菌种鉴定中通常使用的是一代测序。从测序公司拿到结果后，需要到NCBI使用blast比对，根据比对结果构建进化树，这个时候需要熟悉NCBI blast的使用方法，同时还需要掌握Mega等软件的操作。
现在，凌波微课云平台也可以做菌种鉴定分析啦，一键完成比对和构树操作！
工具链接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/SIA
2. 操作方法
2.1. 上传文件
需要上传fasta或txt格式的序列文件，示例文件可以点击下方的眼睛图标查看，一次上传的文件中最多只能包含5条序列。示例文件如下图所示：
2.2. 设置比对参数
这里的参数与NCBI 的blast参数是一致的，其中最重要的是e-value值，是我们进行筛选的标准，一般设置为1e-5，而最大输出结果选项最多可以输出30条序列（即每一条目标序列都会输出对应的30条比对结果）。
2.3. 设置构树参数
构建系统发育树方法包括最大似然法和邻接法，最大似然法的准确度最高，但耗费时间较长，邻接法运行时间较短，准确度也是比较高的，可以根据自己的需要选择，默认参数使用最大似然法。
上传文件后，选择“提交”按键，即可开始分析
2.4. 查看任务
提交任务后，点击界面右侧的“历史任务”模块，或者点击界面“我的任务”，都可以查看任务编号、软件名称和状态等信息，点击任务编号，即可查看分析结果。
在任务详情界面，展示的是任务参数、结果文件列表和在线调整图片3个区域，提供结果文件下载功能。
3. 结果文件
结果文件包括blast比对结果表、输入序列及匹配序列合并表和利用fastree进行构树得到的newick文件。
Blast比对结果表：呈现了比对结果，这里尤其需要注意的是得分（score）、E值和一致性identity值
输入序列及匹配序列合并文件：是一个fasta文件，整合了原始序列和比对到的序列，后缀修改为fasta就可以用于其他分析了。
利用fastree进行构树得到的newick文件：可以导入Mega、iTol等软件中进一步优化。
4. 在线调整图片
在线调整图片区域提供了构树得到的图片，标尺在图片的上方。通过图上的一排按钮可以对图片进行调整，这排按钮可以分为三部分
左侧的按钮：对树的排列进行调整；
中间的按钮：调整树形：这里的树形有常见的环形树和长方形树；
右侧的按钮：整序列名离分支的距离
点击目标序列名就可以着色，也可以调整根节点、隐藏部分分支，调整后的图片都是即时呈现，可以直接点击“下载树图”按钮，获得png格式的树图文件。
