计算每个位点的多态性；

vcftools    --vcf    test.vcf   --site-pi   --positions   SNP_list.txt   --out    out.txt

计算窗口的多态性（滑窗参数为可选项）；

vcftools --vcf    test.vcf    --window-pi    <integer>    --window-pi-step  <integer>      --out     out.txt

计算特定样本群体的多态性；

vcftools --vcf   test.vcf  --keep    pop.list   --window-pi    <integer>     --out     out.txt

计算群体之间的FST；

vcftools --vcf     test.vcf   --weir-fst-pop    pop1.list    --weir-fst-pop   pop2.list    --fst-window-size    <integer>   --fst-window-step  <integer>    --out      out.txt  

计算群体的Tajima's D；

vcftools    --vcf   test.vcf      --keep   pop.list      --TajimaD       <integer>    --out    out.txt

做个笔记记录下，省得忘。