计算每个位点的多态性；
vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt
计算窗口的多态性（滑窗参数为可选项）；
vcftools --vcf test.vcf --window-pi <integer> --window-pi-step <integer> --out out.txt
计算特定样本群体的多态性；
vcftools --vcf test.vcf --keep pop.list --window-pi <integer> --out out.txt
计算群体之间的FST；
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop pop1.list --weir-fst-pop pop2.list --fst-window-size <integer> --fst-window-step <integer> --out out.txt
计算群体的Tajima's D；
vcftools --vcf test.vcf --keep pop.list --TajimaD <integer> --out out.txt
做个笔记记录下，省得忘。
