- 下载
该软件需要以下依赖
- [Bowtie], [Bowtie2] 或者 [BWA].
- Perl
*[Bismark](可选项， 针对bisulfite 数据)
1.1
有相关的软件之后，进入官方网站，点击下载
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqscreen
作者也非常贴心的提供了视频教程
https://www.youtube.com/watch?v=WqiKPRxHzNU
1.2 下载测试数据以及配置该软件
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/fastq_screen_test_dataset.tar.gz
解压
tar xvzf fastq_screen_test_dataset.tar.gz
进入FastQ-Screen文件夹，配置
cd FastQ-Screen-0.15.2
cp fastq_screen.conf.example fastq_screen.conf
编辑配置文件
vim fastq_screen.conf
告诉软件你安装mapping软件的位置
#BOWTIE /usr/local/bin/bowtie/bowtie
BOWTIE2 /opt/share/bowtie2
#BWA /usr/local/bwa/bwa
建立候选参考基因组的索引并写入配置文件
DATABASE Human /data/public/Genomes/Human_Bowtie/GRCh37/Homo_sapiens.GRCh37
DATABASE Mouse /data/public/Genomes/Mouse/NCBIM37/Mus_musculus.NCBIM37
- 测试软件
./fastq_screen fastq_screen_test_dataset/fqs_test_dataset.fastq.gz
4.查看结果
生成了一个html 和 一个txt 文件;截图如下所示。
fastq-screen.png
从图中可以看出人和拟南芥基因组所占比列非常小，查看作者的测试结果发现是小鼠的基因组.
fastq_screen2.png
这个软件也可以帮助我们删除指定物种的reads
更多详细内容可以查看官方tutorials.
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastq_screen/_build/html/index.html#:~:text=FastQ%20Screen%20is%20a%20simple,useful%20in%20characterising%20metagenomic%20samples.
