大纲
导读文献
editor：生信云
BSA分析（一）背景介绍 - 知乎
BSA分析（二）软件安装 - 知乎
BSA分析（三）数据准备 - 知乎
BSA分析（四）测序数据质控过滤 - 知乎
BSA分析（五）变异检测 - 知乎
BSA分析（六）变异结果注释 - 知乎
BSA分析（七）Mutmap - 知乎
BSA分析（八）QTL-seq - 知乎
BSA分析（九）BSR-seq 分析 - 知乎
editor：爱学生信的小菜鸡
BSA分析（一）——原理及发展史
BSA分析（二）——分析准备工作
BSA分析（三）——测序数据的质控
BSA分析（四）——序列比对及比对信息统计
BSA分析（五）——变异检测及样本合并
BSA分析（六）——QTLseqr包
BSA分析（七）——DeepBSA - 知乎
BSA分析（八）——OcBSA - 知乎
BSA分析（九）——MMAPPR（ED）
BSA分析（十）—— 下游分析之变异注释
大基因组染色体拆分
染色体拆分VCF文件合并
vcf文件过滤亲本纯合且差异位点
课程
BSA性状定位分析（第一节：背景知识概要）_哔哩哔哩_bilibili
文献
10.1111/tpj.15646
10.3390/plants13192676
10.1038/nmeth0809-550
BSA 全称bulk segregant analysis，极端性状的混池，只能研究一个目标性状（比如高对矮，耐高温对敏高温）。
早期事件
现代分析法
tip1.如果表型呈现正态分布，就是数量性状（群体遗传学有讲）。
tip2.计算混池里每个个体的SNP频率，对每个极端群体作图统计，就会得到在基因组上的目标QTL区域会有较大差异，从而实现QTL定位。
分析流程
software
mutmap
mutmap一定要对分离比做一个统计并进行卡方检验。可以对隐性性状定位。
QTL-seq，可以对数量性状进行定位。
常规群体构建
tips，只要是能做连锁作图的群体都能进行BSA分析。
玉米关联群体：NAM（Nested Association Mapping）群体简介（Edward S. Buckler，2009）_nam群体-CSDN博客
