cytoscape 安装过程，一直默认即可，不需要更改位置
安装教程参考https://cloud.tencent.com/developer/news/96301
（该部分内容多为摘抄笔记）
1.从数据库导入数据，输入感兴趣的基因名称，然后选择相应的数据库，导出数据
file--import----import Network from Public Databases
选中了四个数据库，会产生四个图形界面
结果如下
Select用的还是蛮多的，比如我们要选中与某一个节点相邻的所有节点。下图中演示了选中Tyms所有相邻的节点，当然edge也是可以进行这样的选中操作的，这里就不作演示了。
得到的是直接相互的基因
Layout主要用于改变整个网络的形态
导入表格数据时要注意三点：
1、导入的这个表格数据是针对全部的网络，还是只针对当前正在操作的网络。如果是针对全部的网络，那么后续根据表格数据设置格式的时候会产生全局的变化，各个网络图无法独立操作。
、这个表格是针对node还是edge，如果是只针对node那么无法用这个表格的数据对edge进行注释。
设置好关键字，在这里node1才是与整个网络相匹配的关键字，Expression是一个注释列。
>导出图片只建议大家导出成PDF格式，高清无码，后续好编辑。
操作区（重点！！！）
画的图好不好看，就全看这一部分的骚操作了！
以上参考：https://cloud.tencent.com/developer/news/96301
以下是教学视频中摘抄以及自我操作的笔记
官网https://cytoscape.org/安装地址
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image.png
2.示例操作，先利用string构建差异基因的蛋白互作网络，然后再用cytoscape展示
2.1 利用以下基因在string数据库中构建互作图
打开string网站，输入以上基因
check每个基因是否都是符合
生成互作图
可以在export中下载tSV格式，就可以用cytoscape打开
可用excel表打开tsv文件
打开cyroscape，import 刚才的tsv文件
一般情况导进来的networks，需要选source code 和target 列，而string导进来基本上点默认就行
确认后导进来的文件如下
layout中可以选择不同的展示方式
还可以更换style
2.对上调和下调的基因标记不同颜色
通过导入一个表达table
通过改变方块颜色，就可以使标记的上调显示出来
4. APP 安装 找到MCODE 点击install
5.0 利用Tsv格式的前两列构建一个基因出现次数图
保存为count.txt， 最后import 导入该文件
可以选择离散型mapping，就可以对每个元素进行选择，也可以选择连续性mapping，就是渐变性的变化
Layout----layout tools 可以调出对图形操作的界面
导出图例
6.0 利用apps--- keggparser—local KGML---
打开xml文件
加载好kegg数据后，需要添加属性，
Import-File—添加table
7.0 APPs，叫作Agilent Literature Search
在Cytoscape中自动生成相应的网络图
8.Step2：安装ClueGO和CluePedia插件
apps---app manager 中选择ClueGO和CluePedia插件进行install
如果报错了no zip file，可重新打开软件再次安装
- 寻找hub基因
https://cloud.tencent.com/developer/article/1819223
image.png
image.png
输出结果
因为软件自动生成的图形edges有数字，并且都用虚线
现在就来示范一下如何根据自己的需求美化网络
1、左边列表点击style
2、下方针对调整对象进行选择，Node：节点；Edge：边
3、需要点击Edge color to arrows才可以进行调整
如果是需要选择/删除/隐藏所有节点或者边时，可通过菜单栏的Select进行选择
