Mnocle3往期精彩内容,因为monocle2有问题,且官网也放弃了monocle2,目前用的比较主流的拟时方法就是monocle3了。Mnocle3我们也写过全面的内容,不论是基础的分析还是个性化分析:
Monocle3(1):单细胞拟时分析---分析(详细注释版)
Monocle3(2):单细胞拟时分析可视化---普通版
Monocle3:单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
Mnocle2有一个功能就是可以做拟时热图,在monocle3个性化分析中我们也提供过一种方式,只不过将拟时进行了区间化:
但是很多小伙伴钟情于Mnocle2的那种形式的热图,一致再问monocle3可以不可做那种图,这里我们也提供做法,是可以实现monocle2拟时热图的效果的,而且我们增添了内容,对拟时进行分块,并作一下GO富集分析,最后使用AI将两者结合,就是一幅完美的展示图。
Monocle2个性化分析内容我们做过基因随拟时变化的趋势分析及可视化(单细胞拟时分析:基因及通路随拟时表达变化趋势)。这里,我们也在monocle3中实现此内容:[图片上传失败...(image-dd1adc-1686641408024)] 当然了,还是那句话,我们的帖子绝不是单纯的做一个monocle3热图,在这个帖子中有原创函数,构建函数的思路也写在了里面,对于初学者需要拔高的小伙伴,应该是有帮助的!接下来,我们看看具体的内容:
本贴的分析作图内容都是基于monocle3分析构建好cds和做完ordercell之后!