DNA-seq（maybe不需要拆分比对）：bowtie；bowtie2；BWA
RNA-seq（maybe需要拆分比对的）：STAR；HISAT2；Tophat
bowtie和bowtie2，是两个不同类型的比对工具，bowtie2并非是bowtie的升级。尺有所长寸有所短，bowtie适合长度在50b长度以内的reads比对，而bowtie2适合50-100b，甚至更长的reads比对。
Tophat/Tophat2调用bowtie/bowtie2，Tophat2是Tophat的升级版；
HISAT2是Tophat2的升级版。HISAT2不仅支持RNA-seq的比对还支持DNA-seq比对，唯一需要做的就是加上一个参数--no-spliced-alignment。但是就目前来看，大部分人都是使用HISAT2做RNA-seq，没人使用它做DNA-seq
几款RNA-seq工具的比较：
《Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis》这篇文章可以称之为史上最全RNA-seq测评。对于RNA-seq的方方面面都进行了比较。
HISAT2，他的junction正确率最高，但是灵敏度相对较低。而STAR灵敏度更高，但是会有许多包含soft-clip的低质量比对。此外，STAR的unique mapping比例最高，它对于双端测序的reads，要么全部比对上，要么全部抛弃，不会像像TopHat和HISAT2一样只比对上某一个reads。
最后这篇文章还给了一个它认为比较好的RN-seq组合方式：
比对用HISAT2
reads count方法定量，采用FeatureCounts
差异表达选用DESeq2
