上一篇写了 ggplot2 中的配色，主要介绍了任意指定diy（scale_color_manual），使用自带的调色板方案（scale_color_brewer），指定二色或三色梯度（scale_colour_gradient）。
但如果想要横坐标以一个特定顺序排列，以及特定变量指定特定的颜色，应该怎么做呢？我尝试了一下。
1）指定横坐标顺序
#同上一篇一样，仍使用R语言自带数据集为例；
ToothGrowth$dose <- as.factor(ToothGrowth$dose)
head(ToothGrowth)
p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot()
p
按照上篇所说，指定不同变量的不同填充色；
指定变量在横坐标的顺序，可以在数据框中指定变量的顺序；
ToothGrowth$dose <- factor(ToothGrowth$dose, level=c("0.5", "2", "1"))
p <- ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, fill=dose)) + geom_boxplot()
p + scale_fill_brewer(palette = "Set2")
以上就可以改变横坐标的顺序，可用于按特定顺序在横坐标排列变量，但也存在特例。
有时候虽然改变了横坐标上变量的顺序，但图例的顺序并没有随之改变，比如我自己的数据集：
head(data_example)
绘制分组箱线图，根据Group进行颜色填充；
ggplot(data_example, aes(x=VAR, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Set2")
data_example$VAR<- factor(data_example$VAR)
ggplot(data_example, aes(x=VAR, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Set2")
但是，上图中图例顺序虽然被改变了，但变量在横坐标的排列顺序并没有改变。
可能这里是因为横坐标排列的是VAR变量，而非Group，故重新排列VAR变量。但是，虽然改变了横坐标排列顺序，但图例顺序仍是默认的。
x$VAR <- factor(x$VAR, levels=c("IND01", "IND02", "IND04", "AUS01", "AUS02", "TEJ01"))
ggplot(data_example, aes(x=VAR, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Set2")
解决方法：
1）既然图例顺序没有改变，也可以再次指定颜色填充顺序，即：
data_example$VAR<- factor( data_example$VAR)
data_example$VAR <- factor(data_example$VAR, levels=c("IND01", "IND02", "IND04", "AUS01", "AUS02", "TEJ01"))
ggplot(data_example, aes(x=VAR, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Set2")
2）或者在 scale_fill_brewer 函数中增加 limits 指定颜色填充顺序也可以：
data_example$VAR <- factor(data_example$VAR, levels=c("IND01", "IND02", "IND04", "AUS01", "AUS02", "TEJ01"))
ggplot(data_example, aes(x=VAR, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Set2", limits=c("IND", "AUS", "TEJ"))
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