由此可见，《水浒传》盛行几乎是“现象级”。就整体而言，肯定《水浒传》的并非社会主流，批评与否定者更为严厉与集中。明弘正（弘治、正隆）年间的田汝成即指出：“《水浒传》叙宋江等事，奸盗脱骗机械甚详，然变诈百端，坏人心术。其子孙三代皆哑，天道好还之报如此。”（《钦定四库全书·史部·西湖游览志余》卷二十五）不但评价极其负面，甚至诅咒作者，三代子孙都是哑巴。
大明朝廷，动用国家权力查禁《水浒传》，是由于明末的农民闹事。崇祯十四年（1641），山东、河南大旱。寿张（在今山东梁山县）农民李青山，聚众起事，占据梁山。他们打官兵、占州县、截漕运、谋招安，与500年前的梁山，一样的路径，一样的招数，一样的归宿，从而牵连到《水浒传》。
督催漕运的官员左懋第奏报皇帝：“李青山诸贼啸聚梁山，破城焚漕，咽喉梗塞，二京（南京、北京）鼎沸。……（此地）非崇山峻岭，有险可凭；而贼必因以为名，据以为薮泽者，其说始于《水浒传》一书。
以宋江等为梁山啸聚之徒，其中以破城劫狱为能事，以杀人放火为豪举，日日破城劫狱，杀人放火，而日日讲招安以为玩弄将吏之口实。” “此贼书也”——就是他对《水浒传》的政治结论。（《水浒资料汇编》，中华书局，1980年，页364）
学者査继佐就明末民变撰文指出：“自施耐庵作《水浒传》、罗贯中续称之，笔¨贻祸者三而未已也。……前七年为《水浒》第一演义，而元气全澌；后十七年为《水浒》第二演义，则国命堕尽。……耐庵、贯中之笔良可畏也！”（《罪惟录》，浙江古籍出版社，1986年，页2703-2704）
由李青山而梁山泊，由梁山泊而《水浒传》，这就是《水浒传》之所以“可畏”的历史逻辑。崇祯帝翌年六月颁旨：“着地方官设法清查本内，严禁《浒传》，勒石清地，俱如议饬行，钦此。”明廷随即下令，“凡坊间家藏《浒传》并原板，勒令烧毁，不许隐匿。”（《水浒资料汇编》，页439）只因此时明廷内忧外患，政权摇摇欲坠，这一禁令未能施行。
