今天上午听了作者讲解CARD,基于去卷积方法进行空间与单细胞联合分析的软件,可以做:
- 单细胞cluster与空间数据联合
- 没有单细胞ref的数据,输入一个maker list也是可以使用该软件 进行空间与单细胞联合分析
- 利用 低分辨率空间数据 得到高分辨率的结果
作者真是太优秀了!!!
CARD简单介绍
简介:空间与单细胞 关联分析 基于反卷积
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特点:
- 考虑到空间位置 距离关系
- 有card free选项
- 低分辨率 推测高分辨率
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例子:
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几种方法比较
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CARD去卷积 可视化(空间celltype与基因)
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可以提取空间部分某种cluster做定量与定性
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CARD低分辨推测高分辨率
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CARD free:没有scRNA作为ref
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CARD:根据low分辨率得到 单细胞水平celltype
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CARD运行时间:比较快
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总结:
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空间与单细胞 放数据位置
- sct
- geo
- 华大
- sra
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refer 选取
- 结合spatial了解,eg:组织类型相似,时期
- 可以每种ref都测试,低ref到高ref