单细胞与空间联合分析-CARD简介-20220721

今天上午听了作者讲解CARD,基于去卷积方法进行空间与单细胞联合分析的软件,可以做:

  1. 单细胞cluster与空间数据联合
  2. 没有单细胞ref的数据,输入一个maker list也是可以使用该软件 进行空间与单细胞联合分析
  3. 利用 低分辨率空间数据 得到高分辨率的结果
    作者真是太优秀了!!!

CARD简单介绍

  • 简介:空间与单细胞 关联分析 基于反卷积

  • 特点:

    • 考虑到空间位置 距离关系
    • 有card free选项
    • 低分辨率 推测高分辨率
  • 例子:

    • 几种方法比较

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    • CARD去卷积 可视化(空间celltype与基因)

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      • 可以提取空间部分某种cluster做定量与定性

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    • CARD低分辨推测高分辨率

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      +
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    • CARD free:没有scRNA作为ref

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    • CARD:根据low分辨率得到 单细胞水平celltype

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    • CARD运行时间:比较快

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  • 总结:

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  • 空间与单细胞 放数据位置

    • sct
    • geo
    • 华大
    • sra
  • refer 选取

    • 结合spatial了解,eg:组织类型相似,时期
    • 可以每种ref都测试,低ref到高ref
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