2022-09-13生物软件应用----作业二

一、安装aspera软件

打开虚拟机，输入: ssh -p 6000 202031107010217(学号）@47.100.23.66

输入密码：bioinfo20,然后回车，登入服务器

登入

查看服务器下载文件

错误，未进入目录

mkdir ~/Biosofts/ #创建Biosofts目录

tar zxvf /disk1/shares/ibm-aspera-connect_4.0.2.38_linux.tar.gz -C ~/Biosofts/ #解压文件包

cd ~/Biosofts/ #进入Biosofts目录

./ibm-aspera-connect_4.0.2.38_linux.sh #进入文件

~/.aspera/connect/bin/ascp -h #查看文件信息

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >>~/.bashrc #添加环境变量

ascp -h #查看信息

成功

结果

二、安装使用SRA-toolkit

登入服务器

（1）apt-get安装方式

如果有权限

sudo apt install sra-toolkit

(2)预编译安装方式

mkdir ~/Biosofts/ #创建目录

tar zxvf /disk1/shares/sratoolkit.2.11.1-ubuntu64.tar.gz -C~/Biosofts/ #解压

cd Biosofts/ #进入此目录

cd sratoolkit.2.11.1-ubuntu64/ #进入此目录

cd bin/ #进入此目录

./prefetch -h #查看信息

echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.11.1-ubuntu64/bin:$PATH' >>~/.bashrc #添加环境变量

source ~/.bashrc #使文件被修改后（在此处指添加环境变量）立即生效

cd ~ #跳转到当前目录的甲目录中

prefetch -h #查看信息

vdb-config --interactive

按Enter

prefetch -h #查看信息

成功