一个关键“器官”
我们从未见过它，也无法感知它的存在，它不是我们从娘胎里就生长的，而始于我们爬出娘胎那一刻。在我们3岁时，它就比较成熟稳定了。它就像一个“器官”，作用丝毫不亚于心肝脾胃肾，它就是微生物群。最近的一些科学研究，逐渐发现这个“器官”被我们忽视太久，对待太差。
人体约由30万亿个细胞组成，同时却容纳了超过100万亿个细菌与真菌细胞，这些微生物朋友们与我们协同演化。请想想：此时此刻，你身体内70%～90%的细胞都不是人类细胞，而是微生物细胞。微生物寄居于你的每一寸肌肤，你的口、鼻、耳，你的食管、胃，尤其是肠道。
当你清晨醒来，第一句话一定不要对自己的爱人讲，因为你的口气一定不好闻。为什么呢？在大部分睡眠时间里，你都在用鼻孔呼吸，整个晚上经过口腔的空气减少，厌氧微生物疯狂滋生，它们会分泌出许多挥发性的化合物，从而导致了“清晨口臭”。
但这些厌氧菌，是我们消化食物的第一步，而肠道中的细菌能够合成多种营养素，譬如维生素K，这是人体自身细胞所合成不了的。肠道中的食物残渣会通过结肠最终到达直肠，我们自身无法消化和吸收这些食物残渣。可结肠里生活着的细菌却能将它们进一步消化，比如，果蔬里的纤维素不能被小肠直接消化，却能被结肠里的细菌们利用，这些细菌会代谢分泌出一些叫“短链脂肪酸”的物质，它们可以被我们的肠道吸收。结肠中细菌为我们提供的能量，可以占到食物总能量的15%，这对早期人类的生存至关重要。
微生物群还可以为我们提供免疫力，抵御外来微生物的侵扰。当一些入侵者试图在我们体内占据一席之地，既有的细菌当然不愿妥协，它们会分泌一些物质杀死入侵者，从而保护我们的健康。比如，育龄女性的阴道中存在着乳酸杆菌，它们能够分泌出大量的乳酸，从而降低了阴道内的pH值，使其不适合真菌等病原体的生存。
这些人体内的微生物并不是由地球上的某些微生物随随便便地组合而成。我们与体内携带的微生物一直在协同演化，所以人体内的微生物群落保持得相当稳定，一生中都很少发生改变。可是，最近一项研究发现，157位美国人身上只有少数几种门类的微生物，而12位印第安人身上的微生物却有100多种，而且大多是美国人体内都没有的独特物种。
许多至关重要的微生物从现代人身上消失了，这或许是很多现代病的根源。
一个致命杀手
青霉素的发明，开启了医学的黄金时代。人们终于发现，有一种药物可以治疗致命细菌引起的感染了，人们认为它是真正的“奇迹”，媒体欢呼一个崭新的药物时代降临了。人类开启了抗生素时代。
严格讲，抗生素是生物体合成的天然物质，这些生物体想利用抗生素来消灭它们的竞争对手，包括它们的细菌邻居们。在亿万年的生存斗争中，一些微生物制造出各式各样的抗生素，发动了千千万万种攻击，而另一些微生物见招拆招，演化出了万万千千种防御手段，后者构成了细菌耐药性的基础。自古以来，这就是一场“魔高一尺，道高一丈”的军备竞赛。
现代抗生素对少数疾病相当有效，但滥用抗生素的情况又非常普遍。我们越频繁的使用抗生素，就越可能筛选出能耐受抗生素的致病菌。当对抗生素敏感的致病细菌被清除，耐药菌株会更加壮大，同时产生具有耐药性的后代，最终导致针对这些致病细菌的现有抗生素失去疗效。同时，医药公司偏爱研发和生产销路更广的广谱类抗生素，医生也更加热衷使用“通杀一切”的广谱抗类生素。
现代农业为了提高蓄养动物的产肉率，会饲喂动物抗生素。今天，大约70%～80%的抗生素都用于增肥动物，包括数以亿计的牛、鸡、火鸡、猪、绵羊、鹅、鸭、山羊。2011年，动物养殖业共购买了接近1260万公斤抗生素。最终耐药菌或抗生素本身，会经过农产品传递到我们的身上。这些因素都让滥用抗生素的情况变得更糟，一旦耐药细菌感染突然发作，我们就很可能会找不到有效药物。
另一方面，滥用抗生素会杀死了我们体内的有益细菌，打破了有益细菌占优势的状态。比如，过量的抗生素会抑制女性阴道中的乳酸杆菌，破坏了原来的弱酸性环境，从而导致致病菌大量繁殖，结果就是引发各种妇科炎症。又如上呼吸道感染，大家都很熟悉：喉咙疼、流鼻涕、耳痛、鼻窦疼痛、浑身不舒服，有时还伴有发热。这种病是“自限性”的，不管它也会自然消退。我常常看到很多人一感冒就说受不了，要吃头孢，事实上，抗生素对治疗病毒感染没有任何帮助。
如今抗生素的使用量非常巨大，而且还在逐年攀升。据统计，20～40岁之间的青年们平均接受了13次抗生素治疗。在我记忆中，前些年阿莫西宁和氟哌酸简直就是万能药，也是家中常备药。
一个迫切问题
抗生素滥用会引起诸多问题，最迫切的是关于人类的繁衍。
抗生素常用于治疗孕期的各种轻微感染，比如咳嗽、尿路感染等。孕妇服用抗生素的时间越接近分娩，胎儿受到的影响也就越大。为了防止剖宫产后的感染，很多产妇还会在分娩过程中使用抗生素。
婴儿出生时，他的口腔、皮肤里充满了母亲的阴道细菌，包括乳酸杆菌、普雷沃斯菌、纤毛菌等；吃初乳时，也会把乳汁里面的友好细菌吃进肠道里面。母乳里不仅仅有友好细菌，还有友好细菌需要的一类叫作低聚寡糖的营养，是专门用来养乳酸杆菌和双歧杆菌的。如此，可以确保这些友好细菌最早在肠道里定居下来，这些细菌能产生很多的乳酸和乙酸，让肠道变酸，不利于病菌的生长。
它们还可以被看作是“基础物种”，像森林里的大树一样，它们长得很多了以后，会创造一个独特的环境，让“森林”里喜欢这种环境的植物和动物长起来，而乱七八糟的物种就长不起来了，“森林”就能长久地维持下去。 如果这些作为“先锋物种”和“基础物种”的友好细菌没有进入新生儿肠道，或者，进入以后被抗生素消灭了，结果最先定居的成了病菌的话，肠道里的生态系统的构建就会遇到大麻烦。以后，进来的细菌很多可能都是有害无益的种类，它们可以扰乱我们的免疫系统，令孩子过敏，它们也可能产生神经毒素、致癌物质等有害的物质，增加孩子罹患神经、精神疾病甚至癌症的风险。
为了保证最先进入新生儿肠道的是友好细菌，而不是乱七八糟的杂菌甚至病菌，大自然早有安排。怀孕的女性，会向阴道里分泌大量的糖原，把一些叫作乳酸杆菌和双歧杆菌的友好细菌养得多多的。另外，她们肠道里的这些友好细菌也开始进入血液向乳腺转移。完成这些友好细菌的“菌种”准备以后，妈妈就可以让孩子出世了。
就此不难看出，剖腹产出生的孩子享受不到这些优厚的待遇，如果还不能实现母乳喂养则更惨。这也是书中一个反复强调的观点，反对剖腹产。
书的主要观点讲完了，再谈谈自己的一些看法。
人类通病。人类所有的问题，我们每个人的困境，都源于自身进化跟不上科技进步。科技进化太快，它和人的进化完全不是一个尺度，差了若干数量级。我们的大脑是几万年前定型的，微生物也是，这是我们不适应当下的根本问题。
勿走极端。我见过一些有洁癖的人，自己也莫名其妙有些轻微洁癖，比如频繁洗手。这并不好。如今的抗菌洗手液确实可以杀灭细菌，也会消灭掉有益的细菌。所谓的“不干不净，才不生病”竟然找到了科学依据。同时，这本书也被称为人类微观环境的《寂静的春天》，要知道《寂静的春天》提倡的禁用DDT是闹出好多人命来的，那我们对微生物群的看待是不是也应保持更多理性，比如微生物是理解现代疾病的一条路，但是不是都能找到在此找到病因？
系统眼光。如果不读这本书，就无法知晓人体内还有如此神奇的一个“器官”。微生物群本身是一个生态系统，打破这个系统的生物体，很容易受害。同时，在更大的系统上看，这个“器官”又是和其它器官产生协作的，那书中举例的若干疾病都源于微生物群的问题，就值得商榷。
