学习小组Day5笔记-小屈

save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found,是为什么,应该怎么解决?

答:X并未赋值,应当给X赋值

一些新手小常识:

(1)R的赋值符号不是等号,而是<-
(2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行
(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
(4)显示工作路径 getwd()
(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。
(6)表格在R语言中改名叫数据框_
(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。

学习经典的两个数据类型

向量

1.标量和向量的区分

元素指的是数字或者字符串(用chr表示)等,根据它可以区分两个词:
标量:一个元素组成的变量
向量:多个元素组成的变量
(补充:一个向量是一排有序排列的元素,以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。)
理解元素、向量和标量
使用时,一般都会直接给变量定义,也就是“赋值”,字面意思是赋予这个变量一个数值(其实也不一定是数值,还可以是字符串/数据框等等)。
2.从向量中提取元素

数据框

首先将示例数据放在我的工作目录下
示例数据是如何获得的?
新建doudou.txt,输入以下(如果教程里让你新建,又没说在哪里,你就默认在工作目录下新建。)
X1,X2
A,1
B,
C,
D,3
E,
小抄截图中显示的NA表示空值,所以新建的时候像我一样空着就好。
用以下命令即可获得示例数据框:
X<-read.csv('doudou.txt')


23.png

(1)读取本地数据



sep
sep= 文件中的字段分离符,用于文件数据文本的读取和保存过程中指定分割符号。
csv 文件 sep = “,” # 以逗号分割
txt 文件 sep = “\t” #以制表符分割
其他文件 sep = " " #以空格分割
header
header=T or header=F
数据的第一行是否作为列名

(2)设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt')
在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X)查看列名
rownames(X)查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)
最后row.names的意思是修改第一列为行名

(3)数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)

(4)变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData") 保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")保存其中一个变量
load("test.RData")再次使用RData时的加载命令

(5)提取元素

  • X[x,y]第x行第y列
  • X[x,]第x行
  • X[,y]第y列
  • **X[y] **也是第y列
  • X[a:b]第a列到第b列
  • X[c(a,b)]第a列和第b列
  • X$列名也可以提取列(优秀写法,不用写括号,支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)

(6)直接使用数据框中的变量

iris是R语言的内置数据,可以直接使用。提取某两列作散点图:

plot(irisSepal.Length,irisSepal.Width)
将上面的代码复制(手打更好)到一个新的R脚本中。


然后保存到工作目录下
1234.png

Day5生信学习笔记-小屈 (1).png

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