Conda
一、安装conda
- 搜索"miniconda 清华" ，点这里
- 查看服务器多少位，输入命令 uname -a
- 进入到软件放的位置，如biosoft
- 选择最新的版本进行安装，wget
- 安装，bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh，按Enter和yes
- 激活conda， source ~/.bashrc
- 添加镜像，加快下载速度
~$ uname -a #服务器多少位
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
-$ cd ~/biosoft
-$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh
-$ bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh
-$ source ~/.bashrc #激活conda
#添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
二、使用conda
- 查看conda的软件 conda list
- 安装软件 conda install fastqc -y （-y是yes，可以省去安装过程输入y的环节）
- 确认软件是否安装成功：fastqc --help
- 卸载软件 conda remove fastqc -y
-$ conda list #查看conda的软件
-$ conda install fastqc -y #安装代码
-$ fastqc --help #是否安装成功
-$ conda remove fastqc -y #卸载软件
三、conda环境
不同的项目使用的软件不同，可以把项目放入不同的环境中，互不干扰
- 查看当前有哪些环境（前面带*是默认的）
conda info --envs - 建立新的环境，如
conda create -n rna-seq python=3 - 重新查看环境
conda info --envs - 激活新的conda环境
conda activate rna-seq - 退出当前环境
conda deactivate
