生信小组day3–软件安装
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conda分三种
- anaconda>miniconda>conda
- 建议使用miniconda（=python+base packages）
- 足够精简，功能齐全
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conda下载
清华镜像站
wget + 链接
查看自己服务器系统是多少位
uname -a
使用wget下载东西是通过服务器自己的网速,和用户自己电脑上的网速是没有关系的。
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安装miniconda
bash + M `tab`
#SUCCESS
source ~/.bashrc
添加镜像
conda config —add channels
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conda的使用
当前安装的软件列表
conda list
搜索conda软件
conda search fastqc
-
fastqc是一个做质控的软件，此处作为例子
安装软件
conda install fastqc
如果后面加 -y
- 一律同意
- 省事但可能危险
卸载软件
conda remove fastqc -y
conda 环境
理解
- 为了防止软件之间产生冲突，可以把一些软件放到一种类似虚拟机的环境里，需要某种工作流程时只用这些软件，而把其他可能产生冲突的软件隔离开。
查看当前环境
conda info —envs
创建新环境
conda create -n rna-seq pyhton=3 fastqc trimmomatic -y
- -n rna-seq -> 环境名为 rna-seq
- python=3 -> python版本为3
- fastqc -> 此环境包含此软件
- trimmomatic -> 此环境包含此软件
- -y -> 无脑yes
激活新环境
conda activate rna-seq
退出当前环境
conda deavtivate
