在线网址：https://irscope.shinyapps.io/irapp/
github上的R脚本https://github.com/Limpfrog/irscope
在线网址和R使用学习网址：https://www.jianshu.com/p/3fdb94b6233b?utm_campaign=haruki&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=weixin
服务器上徐雷学长的链接进行画图：https://blog.csdn.net/weixin_43362619/article/details/107718188 （作者特别有耐心
第一步 安装cpan
conda install cpan
#或者是
yum install cpan
第二步 使用cpan安装SVG
cpan SVG
第三步 运行脚本
第四步 各种报错
1.解压报错
解压
百度查报这种错的问题，说可能是因为文件被损坏了之类，我检查文件的大小是没有问题的
- 解决办法
tar -xf irscope_pack.3.1.tar.gz
2. 未安装SVG报错
运行
- 解决办法
yum install cpan
cpan SVG
3. 运行出错
运行
- 解决办法
grep 'pi' 1irscope_v3.1.pl
查找pi
sed -i 's/pi/3.14/g' 1irscope_v3.1.pl
- 解决办法
使用vim对1irscope_v3.1.pl进行手动将pi变成3.14
perl 1irscope_v3.1.pl -i /home/longjinhua/ruanjian/pack.3.1/sample/irscope.v3.1.cfg -o /home/longjinhua/ruanjian/pack.3.1/sample/irscope.svg
没有文件
- 解决办法
使用vim修改配置文件1irscope.v3.1.cfg里面的样本路径（因为我是使用徐雷的例子先进性测试的），他的绝对路径跟我的绝对路径是不一样的
vim 1irscope.v3.1.cfg
第五步 运行
- 经过上面的各种报错和修改后，运行命令就成功了
perl 1irscope_v3.1.pl -i /home/longjinhua/ruanjian/pack.3.1/sample/1irscope.v3.1.cfg -o /home/longjinhua/ruanjian/pack.3.1/sample/1irscope.svg
生成文件紫色的那三个是新产生的文件
第六步 使用自己的数据
- 我没有使用脚本直接生成配置文件，而是使用vim手动写的配置文件
注意事项
- 1.边界信息使用反向重复区的边界，如图我是使用的88473-114850,134190-160567
边界信息 - 作者的文档
#1.首先使用生成配置文件，可以使用以下脚本生成：
perl get_cfg_file_for_ir3.1.pl -i *.gbk
#配置文件的内容为：
NC_007942.1.gbk 83176-108749,126645-152218
NC_009259.1.gbk 79824-106249,123860-150285
NC_013843.gbk 80899-107372,124798-151271
# 两列，中间用tab键分割
# 第一列是gbk文件名，注意使用绝对路径。
# 第二列是反向重复区的位置，格式固定
#2.运行主程序
perl irscope_v3.1.pl -i irscope.v3.1.cfg -o irscope.svg
#运行完生成irscope.svg图片，及其转换的图片
生图成功但是有一个报错
看脚本的具体行
- 目前还没有知道具体原因，但是生图成功，后面再追究
