学习小组DAY3笔记——刘雅楠

安装miniconda

miniconda可以查看已经安装的软件,搜索安装卸载软件

镜像网站

所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。

清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

搜索conda软件

conda search fastqc

安装软件

conda install fastqu-y

默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y

卸载软件

conda remove fastqc-y

conda环境

生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?
--别想了,办法就是分身!!按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”

  1. 查看当前conda环境

conda info --envs

  1. 处理转录组数据

先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的,不是要你学python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

  1. 再次查看conda环境

conda info --envs
可以看到多了一个rna-seq

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