conda install gatk
只能安装3.0版本,如果需要4.0,只能老老实实自己下载安装。
1、下载4.0+版本
wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.1/gatk-4.1.8.1.zip
2、解压
unzip *.zip
3、gatk 不需安装,解压即可使用。
gatk --help #若能出现下图,证明安装成功。
但仅限在该包所在位置的路径下能使用,比如将其放在/home/yling/里,就需 cd /home/yling/gatk-4.1.8.1,然后再输入 gatk --help,才会有显示,在其他地方输入会报错,没有这个功能.
4、所以为方便使用,最好添加环境变量
echo $PATH
echo export PATH="/home/yling/gatk-4.1.8.1:$PATH" >> ~/.bashrc #/home/yanling/gatk-4.1.8.1 该包所在位置
source ~/.bashrc
gatk --help
这样在如何一个路径下,输入 gatk --help 都不会报错啦!
(害~ linux一定要认真核对输入的每一个路径和文件名,不然太浪费时间了,哈哈,不过好在我今天下午终于成功啦,也搞懂了改变环境变量的意思,开心!)