maffilter，看名字是一个过滤maf的工具，实际上，他比过滤MAF拥有更多的功能，甚至能构建系统发育树。 文章在2014年发表于BMC genomics (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3904536/)。
他的底层架构很蠢，还是配置文件形态的架构，不过这也没办法，这个东西最早发布于2010年（和lastz同时代），最后一次更新在2018年，，没有命令行输入流倒也正常。
使用maffilter的初衷是，phast包工具固然全面，但phast对Cactus的比对结果太不友好了。因此，通过使用maffilter作为替代是进行比较基因组学的一个十分不错的选择。为了让这玩意的使用跟上时代，我使用几个脚本将他轻量化了，这部分脚本将会以Comtools的名称发布在GIT上（写完了没抛）。
OK，现在我们讲一下拿到了cactus比对的结果应该怎么进行后续处理；
第一步，过滤150bp片段，保留所有物种都比对上的片段
第二步，提取CDS序列，这时候可以构建串联树
第三步，转VCF进行一部分分析
第四步，构建并联树
可选：转plink格式进行下游分析，转MSMC格式进行群体历史分析
后续更新在git上，写了个基于这个东西的比较基因组学pipeline，可以看（https://github.com/gotouerina/ComTools）
