RPM(CPM)
每百万读取(mapped)的reads数
对测序深度进行标准化
例如,对一个具有5M reads的库进行了比对。其中,总共4M reads与基因组序列匹配,5000个reads与给定基因匹配
RPKM(Reads Per Kilobase Million)
(Reads PerKilobase of exon model per Million mapped reads)
每百万mapped上的reads中每kb碱基mapped到给定基因上的reads数
对测序深度和测序长度进行标准化(先进行测序深度标准化,后进行基因长度标准化。)
例如,对一个具有5 M读数的库进行比对。其中,总共4M读数与基因组序列匹配,5000个读数与给定基因匹配,长度为2000bp。
FPKM(Fragments Per Kilobase Million)
(Fragments Per Kilobase of exon modelper Million mapped fragments)
PKM与RPKM计算方法基本一致。不同点就是FPKM计算的是fragments,而RPKM计算的是reads。Fragment比read的含义更广,因此FPKM包含的意义也更广,可以是pair-end的一个fragment,也可以是一个read。
TPM(Transcripts Per Million)
(Transcripts Per Kilobase of exonmodel per Million mapped reads)
对测序深度和测序长度标准化(先进行基因长度标准化,后进行测序深度标准化)
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