1.bowtie2：
bowtie2-build genome.fasta genome
2.bwa:
bwa index genome.fasta -p genome
3.hisat2
第一步：转录本的index：
extract_exons.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.exon
extract_splice_sites.py gencode.vM19.annotation.gtf > genome.ss
hisat2-build -p 20 GRCm38.chr.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran
第二步：基因组的index：
hisat2-build -p 20 genome.fa genome
