2023-04-26如何利用snapgene设计载体引物（酵母单杂、酵母双杂等）

最近克隆启动子遇到了困难，经过多方打听，找到了一个合适的方法，进行记录。

目的：克隆2000bp的启动子序列。

第一步：

获得cds上游3000bp（记住，要大于2000bp）序列，可以理解为1000bp+promoter2000bp+cds，该大序列简称‘全长序列’

第二步：

对该序列进行引物设计，注意前引物位于1000bp，后引物位于cds区域
具体操作可以在snapgene中进行
1、将全长序列导入


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点击下栏的sequence选项


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分别选中三部分，点击features，并对三部分序列进行标记和命名
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2、分别在1000和cds区域设计引物


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然后就会显示引物的位置
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可以模拟一下pcr
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选择引物
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点击PCR
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结果如下
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就可以使用该引物对启动子进行粗提取
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以上是第一次pcr

第三步

接下来进行启动子引物精细提取，和载体组装
1、 加载载体序列pLacZi-2µ和启动子序列


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2 、开始组装（在载体页面进行）


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选择酶切位点，可以是双酶切，也可以是单酶切，我选的是单酶切
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组装完成


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使用该引物，以以上粗提取的产物为模板进行pcr
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