最近克隆启动子遇到了困难,经过多方打听,找到了一个合适的方法,进行记录。
目的:克隆2000bp的启动子序列。
第一步:
获得cds上游3000bp(记住,要大于2000bp)序列,可以理解为1000bp+promoter2000bp+cds,该大序列简称‘全长序列’
第二步:
对该序列进行引物设计,注意前引物位于1000bp,后引物位于cds区域
具体操作可以在snapgene中进行
1、将全长序列导入
点击下栏的sequence选项
分别选中三部分,点击features,并对三部分序列进行标记和命名
2、分别在1000和cds区域设计引物
然后就会显示引物的位置
可以模拟一下pcr
选择引物
点击PCR
结果如下
就可以使用该引物对启动子进行粗提取
以上是第一次pcr
第三步
接下来进行启动子引物精细提取,和载体组装
1、 加载载体序列pLacZi-2µ和启动子序列
2 、开始组装(在载体页面进行)
选择酶切位点,可以是双酶切,也可以是单酶切,我选的是单酶切
组装完成
使用该引物,以以上粗提取的产物为模板进行pcr