Quast的安装
tar zvxf /disk1/shares/quast-5.0.0.tar.gz -C ~/Biosofts/ ##在已经存在安装包的情况下
进入软件目录
cd Biosofts/quast-5.0.0/
测试软件是否可以运行
./quast.py
添加环境变量
echo 'export PATH=~/Biosofts/quast-5.0.0:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda install -c bioconda quast ##可尝试conda安装
用Quast分别对SPAdes和velvet的结果进行评价
查看python环境，若环境为3.8，则需切换到python2环境
python --version
python环境
切换环境
conda activate python2
更改成功
查看将评价的文件路径
文件夹所在位置.png
文件所在位置.png
分别对SPAdes和velvet的拼接结果进行评价
quast.py velvet_out/contigs.fa -o quast_out1
quast.py SPAdesout/contigs.fasta -o quast_out2
可以在输入中进入quast_out环境，查看文件
cd quast_out1
less report.html
查看.png
cd ~ ##进入根目录
cd quast_out2
less report.html
查看2.png
将结果下载到桌面上，查看html结果
quast_out1.png
quast_out2.png
比较SPAdes和velvet拼接效果
quast.py -o compare_spa_velvet velvet_out/contigs.fa SPAdesout/contigs.fasta
比对.png
将结果下载到桌面，查看
结果比对.png
也可以直接输入命令查看
less compare_spa_velvet/report.html
比较error与correction的重要性
重新运行SPAdes,without error correction(无错误矫正的拼接)
spades.py --only-assembler --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout_7942_new_without_correction
等待运行结果
无错误矫正.png
比较with和without error correction的拼接结果
quast.py -o compare_correction ./SPAdesout/contigs.fasta ./SPAdesout_7942_new_without_correction/contigs.fasta
比对完成
compared_correction.png
重新运行velvet,用SPAdes error correction 之后的数据
velveth velvet_out_correction 31 -shortPaired -fastq -separate ./SPAdesout/corrected/test_7942raw_1.fq.00.0_0.cor.fastq.gz ./SPAdesout/corrected/test_7942raw_2.fq.00.0_0.cor.fastq.gz
velvetg velvet_out_correction -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
velvet_correction.png
velvet
比较with和without error correction后的velvet运行结果
quast.py -o compare_velvet_correction ./velvet_out/contigs.fa ./velvet_out_correction/contigs.fa
compared_velvet.png
比较不同km值的拼接结果
quast.py -o compare_velvet_kmer velvet23/contigs.fa velvet31/contigs.fa velvet39/contigs.fa velvet47/contigs.fa velvet55/contigs.fa velvet63/contigs.fa velvet71/contigs.fa velvet79/contigs.fa velvet87/contigs.fa velvet95/contigs.fa velvet103/contigs.fa velvet111/contigs.fa velvet119/contigs.fa velvet127/contigs.fa
屏幕截图 2022-10-11 222843.png
结果显示.png
