今天的学习内容是：linux如何安装软件？
————来自生信星球学习笔记
一、下载conda（精华版--miniconda）——-“linux的应用商店”
1.百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
-> 进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
image.png
-> 选择电脑合适的最新版本，右键-复制下载链接
- 进入biosoft目录：cd ~/biosoft，下载链接
-> wget命令下载复制的链接
image.png
TIPS:
「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴
二、安装miniconda
1.执行安装命令
image.png
根据提示按 enter 继续......中间会出现很多的版权信息，按enter跳过直至出现
image.png
输入yes继续，开始安装miniconda3
image.png
输入yes
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出现上述提示，即为安装成功
2.激活miniconda
source ~/.bashrc #来激活conda
conda
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出现满屏的信息说明成功了
3.添加中科大镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
三、使用conda
-
查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
image.png
2.安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问题全部回答yes】
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本，如果要指定版本号，使用命令：
conda install fastqc=0.11.7 -y
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3.确认fastqc软件是否安装成功
fastqc --help
出现一段，这是软件的帮助文档，提示已经安装成功。
image.png
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
image.png
今天更多的学习笔记来自生信星球，自己跟着实操一遍，收获满满，继续加油！
