东晋会稽王的世子司马元显请求兼管徐州，朝廷于是下诏任命司马元显仪同三司，并都督十六州诸军事，监徐州刺史。

吏部尚书车胤因为司马元显过于骄横放纵，去晋见其父司马道子，请求加以管束制约。司马元显听说了此事，但又不大清楚具体细节，便去问司马道子说：“车胤把旁边的人都打发开，跟您说的是什么事？”

司马道子置若罔闻，没有回答，司马元显坚持要问出个究竟，司马道子大怒地说：“你是打算把我幽禁起来，不让我与朝中官员说话吗？”

司马元显拂袖而出，对部下说：“车胤在离间我们父子之间的关系。”于是，暗中派人去训斥车胤，车胤害怕危及家人，自杀身亡。

孙恩从浃口再次返回陆地，进攻句章，没有攻克，刘牢之向他发起了攻击，孙恩又一次逃进茫茫的大海中。

两个月后，孙恩整顿人马又杀回到陆地，向北逼近海盐，刘裕从句章出发抵抗他，在海盐的旧城址上修筑阵地。孙恩几乎每天都来对刘裕的阵地发动进攻，但刘裕每次都把孙恩击败，并斩杀了他的将领姚盛。

虽然连战连捷，但因为城里的部队人数太少，众寡悬殊太大，刘裕设计在夜里把战旗扔得到处都是，让精锐部队埋伏起来。第二天早晨打开城门，让几个老弱残兵登上城楼，叛军一看，远远地向他们打听刘裕到哪里去了，他们说：“刘裕昨天夜里已经逃跑了。”

叛军相信了他们的话，争先恐后地进了城，刘裕突然向他们发动了猛攻，将他们打得大败。孙恩觉得不可能攻克这座城，于是改向沪渎进军，刘裕便也放弃了这座城池，率军追击孙恩。

海盐令鲍陋派他的儿子鲍嗣之率领吴地的一千士卒，请求去做刘裕的前锋，刘裕说：“强盗们的兵力非常精良，吴地人又不习惯于征战，如果一旦前锋部队失利，那么，必定会使我军遭到失败。你们可以在后面制造声势。”

鲍嗣之却不肯听从安排，刘裕只好埋伏下许多战旗战鼓，击鼓呐喊，叛军以为四下里都有军队伏击，才退了下去。鲍嗣之又莽撞地跟踪追击，结果在战斗中被杀死。刘裕一边交战一边撤退，所带领的军卒几乎全部伤亡。

刘裕一直退到刚开始接战的地方，然后命令军卒脱下死人的衣服拿走，用来显示自己的悠闲，叛军满腹狐疑，不敢逼近，刘裕突然高声呐喊，指挥军队回头再战，叛军害怕刘裕的威名，掉头撤退，刘裕这才带兵回去。

三个月后，孙恩从海上发兵，突然出现在丹徒，共有士兵十多万人，战舰一千多艘，朝堂大为震惊，都城建康内外戒严，文武百官全部聚集在台省机构内居住，随时办公。高素等人据守石头城，刘袭带兵用木栅栏将淮口切断，司马恢之戍守在长江南岸，桓谦等人在白石驻防，王嘏（gu）等屯兵中堂，并征召司马尚之来京师守卫。

刘牢之连忙从三阴带兵前来截击孙恩，还没有赶到，孙恩的兵马已经过去了。于是，命令刘裕从海盐迅速赶来援助。刘裕的兵众当时还不满一千人，他们日夜兼程，一路急行军才与孙恩的部队几乎同时赶到了丹徒。

刘裕的兵卒本来就很少，再加上赶了很远的路，已经疲惫不堪，而丹徒原有的东晋守军又没有丝毫的斗志。孙恩率领他的部队一齐高声呐喊，擂鼓助威，登上了蒜山，而当地的居民则拿着扁担准备抵抗。

刘裕率领着手下的士兵向前奔去，对孙恩的部队发动了猛烈的攻击，并把他们打得大败，叛军从山崖上摔下，落入水中淹死的非常多，孙恩也仓皇狼狈地逃回到船上，才保住了性命。

孙恩仗着自己的兵多，很快便重新整顿好部队，避开刘裕，径直向京师开进。司马元显率领部队前来迎战，却屡战屡败。司马道子没有其他的办法，只是每天去到蒋侯庙祭祀祈祷。

孙恩的部队距离建康已经越来越近了，百姓人心惶惶，非常恐惧。司马尚之带着他的精锐部队及时赶到，直接驻守在积弩堂。

孙恩的战舰非常高大，逆风行驶的速度便无法加快，所以几天后才到达白石。孙恩本以为东晋各支部队驻守的地区比较分散，因此打算趁他们没有准备好，发动突然袭击，但是到达白石后，得知司马尚之的部队正在建康，又听说刘牢之已经回军，驻守在新洲，所以，他也不敢继续前进，只好回军，从海路转向北直扑郁洲。

孙恩手下的其他将领攻克了广陵，杀死了三千余人，高雅之在郁洲向孙恩发动进攻，却被孙恩的军队抓获。

荆州刺史桓玄无时无刻地不在磨砺兵器、训练部队，时刻注视着朝廷内部所出现的每一个对自己有利的微小变化。当他听说孙恩逼近京师，便赶紧竖起军旗，集结队伍，向朝廷呈上奏疏，请求带兵去征讨孙恩。

收到消息的司马元显焦头烂额，大为恐惧，正好赶上孙恩的军队撤了回去，于是，司马元显连忙以诏书制止桓玄起兵，桓玄无奈，只好命令部队解除戒备。

当时东晋诸将纵兵暴掠，涂炭百姓，独有刘裕治军整肃，法纪严明，因为讨乱有功，朝廷下诏，刘裕被封为建武将军，并被任命为下邳太守，命他去郁洲继续征讨孙恩。刘裕数战数胜，孙恩的军队大败，势力从此由盛转衰，再一次沿海向南败逃，刘裕紧追不放，不断地向孙恩的部队发动进攻。

刘裕一直追击孙恩来到沪渎、海盐地区，又一次把他们打败，俘虏斩杀的数以万计，再加上饥饿、疾病、瘟疫，部队死了一大半，孙恩无法，只好从浃口再一次远远地逃向大海。

第二年，孙恩又来进犯临海，被临海太守辛昺（bing）打得大败，孙恩所劫掠的三吴地区的男女百姓，经上一年败给刘裕和此战过后，至此死亡殆尽，仅余数千人。孙恩恐怕自己会被朝廷的军队抓获，于是跳海自杀，他的部下党羽以及姬妾等上百人全部都随他跳海而死。

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