谢琰奉旨率领北府军击败了孙恩的部将许允之，迎接太守魏隐回到了郡城，然后进军又击败了丘尪（wang）。谢琰与刘牢之边战边前进，所到之处，每战必胜。随后，谢玄留在乌程驻扎，派遣高素前去为刘牢之助战。
当初，彭城人刘裕生下来后，母亲便死去了，他的父亲客居京口，家境贫困，无力抚养，想把他扔掉。刘怀敬的母亲是刘裕的姨母，她生下刘怀敬还不到一年，听到了这个消息，便来到刘裕的家中把他救了下来，断了刘怀敬的奶来喂养刘裕，他才得以活下来。
刘裕长大后，非常勇武健壮，胸怀远大的志向，对待姨母非常的孝顺。他识字不多，靠贩卖鞋子维持生计，又爱好摴蒱这种赌博游戏，由于一向贫困，同村的人都很轻视他。
刘牢之征讨孙恩，刘裕被征召入伍，刘牢之派他带领几十个人去探听对方军队的动静，结果碰上一支数千人的军队，刘裕立即上前攻击，跟他同来的士兵全部被杀死，刘裕也跌进河岸下。
叛兵来到河岸边准备下去，刘裕奋勇地挥舞大刀，仰面朝上砍死了数名敌人，才得以重新登上岸来，仍然大吼着追杀敌人。
刘牢之的儿子刘敬宣奇怪刘裕怎么这么出发这么久还没有回来，带着士兵出去寻找他，正好看见刘裕一个人手舞长刀在酣战，大家同声感叹，于是冲上去一起追杀叛军，将他们打得大败，斩杀千余人。二刘也在战斗中结下了深厚的情谊，后来历经很多波折，始终能并肩战斗。
最初，孙恩听说附近八个郡的民众都来响应他，踌躇满志地对部属说：“天下再也不会有什么大事了，我将与诸位一起穿着朝廷的官服到建康去。”
不久，听说是刘牢之带兵来到浙江边上，又改口说：“我即使只割据浙江以东的地区，也还可以做个越王勾践。”
没多久，刘牢之带领大军渡过浙江，孙恩听说后说：“我并不觉得逃走就是耻辱。”于是驱赶裹胁男女百姓二十多万人向东逃走，一路上扔掉了许多金银财宝和妇女孩童，官军在路上竞相拣取他们扔下的东西，孙恩因此才得以逃脱，再一次跑进了海岛。高素在山阴击败了孙恩的党羽，杀了他的部将。
东部地区的几个郡县遭逢战乱，时刻盼望朝廷官军的到来。不久，刘牢之的军队是到达了，却放纵军士大肆抢掠，当地的士人、百姓大失所望，纷纷逃离，各郡各县中再也看不见人的踪迹，一个多月后才渐渐有人回来。
朝廷担心孙恩会再回来，任命谢琰为会稽太守，都督五郡军事，统率他的徐州旧部文武官员在东海沿线驻防戍守。
接着又任命司马元显录尚书事，当时的人们称其父司马道子是东录，司马元显是西录。西录府门前车马拥挤不堪，东录府门前却门可罗雀无人造访。
司马元显其人没有一个正派的老师或是朋友，他亲信的人都是阿谀奸佞的小人，他们有的说他是举世无双的英杰，有的说他是风流潇洒的名士。从此，司马元显是一天比一天骄纵奢侈，竟暗示礼官提议，说因为他自己德性极高，深孚众望，既然已经统领文武百官，文武百官便应该对他表示尊敬。从此公卿以下的所有官员，见到司马元显都实行跪拜之礼
当时军队几次征伐，国库已经空虚枯竭，司徒以下的官员，每天只能领七升粮食，但司马元显却仍然不停地搜刮民财、聚敛钱物，其富有程度竟然超过皇帝。
荆州的殷仲堪担心桓玄过于专横暴戾，就与杨佺期结成姻亲，互为助援。杨佺期几次打算进攻桓玄，每次都是被殷仲堪竭力阻止。
桓玄也担心自己最终被殷仲堪、杨佺期剿灭，于是向朝中的掌权者要求扩大他所统领的地区。
朝中掌权者也打算在他们之间制造矛盾，使他们的联盟解体，于是加任桓玄为都督荆州四郡军事，同时，让桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广做了南蛮校尉。
杨佺期得知消息后既气愤又害怕，杨广本想拒绝桓伟前来接任，但殷仲堪不允许，把杨广调到去做宜都、建平两个郡的太守。杨佺期的弟弟杨孜敬本来是江夏相，桓玄派兵去袭击并劫持了他，任命他做了自己的咨议参军。
杨佺期整顿部队，声称要北上去援救洛阳，其实打算与殷仲堪一起去进攻桓玄。殷仲堪虽然表面上与杨佺期结交，内心里却又怀疑他的用心，所以对杨佺期苦苦相劝，还担心不能阻止杨佺期的行动，又派遣堂弟殷遹（yu）驻扎在北部地区，用来遏止杨佺期。杨佺期无法自己独立起事，又推测不出殷仲堪的真实用意，只好停止行动。
殷仲堪生性多疑，办事缺少决断，他的咨议参军罗企生对弟弟罗遵生说：“殷侯为人仁慈，却优柔寡断，一定会遭逢大难，我承蒙他的知遇之恩，在道义上是不能离开他的，将来一定会因他而死。”
这一年，荆州暴雨成灾、洪水泛滥，平地的水达到三丈，殷仲堪把府库中的储备粮食全部拿出来赈济灾民。
桓玄看机会来了，决定趁殷仲堪内部空虚的时候征讨他，于是发动军队向西进发，也声言要北上去援助洛阳，并给殷仲堪写信说：“杨佺期接受国家的恩宠，但是放弃帝王的陵墓不管，我们应该一起向他兴师问罪。现在应当进入沔水去讨伐杨佺期，我已经在沔水入长江口这一带集结了兵力，如果你的看法与我一致，可以将杨广抓起来杀掉；如果不这样做，我就要率大军进入长江，攻击江陵。”
这时，江陵还有积存的粮食，桓玄派兵前去抢夺。梁州刺史郭铨正赶去上任，途中经过夏口，桓玄骗殷仲堪说，朝廷派遣郭铨担任自己的前锋，于是把江夏的部队全部交给他管理，并让他监督统领一支部队前进，暗中又告诉自己的哥哥桓伟作为内应。
桓伟惊慌失措，不知道该怎么办，把桓玄的密信送交给殷仲堪看，殷仲堪将他扣下作为人质，命令他给桓玄写信，文辞凄苦到极点。桓玄收到信后冷笑说：“殷仲堪为人没有决断，常常在打仗之前患得患失、计较成败，为自己的儿子考虑、留后路，我哥哥一定安全，不必忧虑。”
