王恭一向依仗自己的家族地位和才华看不起同僚，逼杀王国宝之后，他更认为他的声望没有人敢违逆，他既依仗刘牢之的才干，又只把他当做自己的私人部属那样对待，刘牢之一向对自己的才能很自负，感到深深的羞辱和气愤。

司马元显知道这个情况后，派遣刘牢之的亲家，庐江太守高素前去游说，唆使刘牢之背叛王恭，并且答应事成之后便把王恭的职位、封号全部转授给他。高素把司马道子的亲笔信交给了刘牢之，向他陈说了祸福利害。

刘牢之对儿子刘敬宣说：“王恭过去蒙受先帝的大恩大德，现在还是皇上的舅舅，但是他不能作为羽翼拥戴王室，反而多次向京师发兵，我真不敢想象王恭的野心有多大，他的计划一旦实现，他还能继续处在皇上和相王的手下吗？我打算遵奉朝廷的威仪与旨意，用顺乎民心的举动来讨伐叛逆，你看如何？”

刘敬宣说：“现在的朝廷虽然没有周成王、周康王当政时那么完美，但也不像周幽王、周厉王时期那样的昏庸残暴，而王恭却依仗军队的威势，蔑视、凌辱王室。父亲您与他在感情上即不是骨肉关系，在道义上也不是君臣关系，虽然一起共事一段时间，脾气秉性爱好也并不和谐、投机，您今天去讨伐他，于情于理没有什么关系。”

王恭的参军何澹之知道了他们的打算和计划，把这些告诉了王恭。王恭因为知道何澹之历来与刘牢之有矛盾，所以没有相信何澹之的话。

王恭备下酒席，宴请刘牢之，当着众人的面，拜刘牢之为义兄，又把自己的精锐部队和所有的好装备，全部配备给刘牢之，让他率领颜延作为前锋。

刘牢之来到竹里，便斩了颜延宣布投降朝廷，他派儿子刘敬宣和女婿高雅之回击王恭。王恭此时正在城外阅兵示威，刘敬宣驱使骑兵攻击他的队伍，王恭的军队全部溃散。王恭想要回城时，高雅之已经关闭了城门。

王恭单人匹马逃奔曲阿，他平时不怎么习惯骑马，以致于把大腿内侧都磨破了。曲阿人殷确是王恭过去的下属，他用船载着王恭，打算前去投奔桓玄，刚到长塘湖，却被人告密，抓住王恭押往京师，在倪塘斩首。

王恭临死时，还在从容不迫的梳理着自己的胡须，神色像平时那样自然。他对监督施刑的人说：“我王恭愚昧无知，轻率地相信别人，才到了今天这个地步，但我的内心是忠于朝廷的啊，但愿百代以后的人们还能知道有过我王恭这个人。”

王恭和他的儿子、兄弟、同伙全部被处死，朝廷任命刘牢之都督七州诸军事，替代了王恭。

王恭虽然被杀，杨佺期和桓玄的军队已经来到了石头城下，殷仲堪也到达芜湖，司马元显从竹里飞奔回到京师，派王恺等人征发百姓几万人据守石头，以抵抗杨佺期和桓玄的进攻。

杨佺期和桓玄等人向朝廷联名呈上奏章为王恭申辩，请求诛杀刘牢之。刘牢之则统率着大名鼎鼎的北府军迅速赶到京师，驻扎在新亭。

杨佺期、桓玄一看这种情况，大惊失色，只好把部队撤退到蔡州，朝廷并不了解殷仲堪部队的虚实，看到他拥有几万人，漫山遍野都是他的人马，感到内忧外患，忧心忡忡。

左卫将军桓修是桓冲的儿子，他向司马道子进言道：“西部这支军队可以使他们分化瓦解，我知道他们内部的情况。殷仲堪、桓玄他们这些人，全都是依赖王恭，王恭既已被杀，他们一定会感到沮丧恐慌。现在如果答应用很大的好处来诱惑桓玄和杨佺期，他们二人一定会心中暗喜。这样一来，桓玄可以制住殷仲堪，杨佺期也可以判降过来，殷仲堪自然可以拿下了。”

司马道子采纳了他的意见，任命桓玄为江州刺史，召郗恢回朝担任尚书，任命杨佺期都督三州诸军事、雍州刺史，又任命桓修为荆州刺史，命令刘牢之派一千人护送他去上任，又贬黜殷仲堪为广州刺史，派殷仲堪的叔父殷茂去宣读诏书，敕令殷仲堪马上撤回部队。

殷仲堪接到朝廷的诏书，勃然大怒，他认为王恭虽然失败，凭自己的兵力也足以成事，便催促桓玄、杨佺期继续向京师进军。桓玄等人对朝廷的任命感到很高兴，打算接受，正在犹豫不决。

殷仲堪的弟弟殷遹是杨佺期的属下，他连夜告诉殷仲堪，杨佺期等人接受了朝廷的任命。殷仲堪惶惶不安，匆忙地从芜湖向南撤退，并且派人告诉蔡洲的军士说：“你们这些人如果还不各自散伙回家，等我回到江陵，把你们的家眷全部杀掉。”

杨佺期的部将刘系赶快带领二千人马率先撤退了，桓玄等人非常害怕，也狼狈地向西撤军。他们拼命地追赶殷仲堪，直到寻阳方才赶上。此时的殷仲堪已经失去了职务，也只能依靠桓玄等人做自己的声援，桓玄等人也要倚重殷仲堪的军队，因此，他们虽然在心中暗自互相猜疑，但在形势的逼迫下又不得不联合起来。

他们交换了儿子兄弟做人质，在寻阳正式缔结盟约，决定共同进退，一致拒绝接受朝廷的任命和指挥，并且联名上了一道奏章为王恭申辩，请求诛杀刘牢之以及司马尚之，又质问殷仲堪没有罪过，为什么独独被降职贬黜。

朝廷非常惧怕，宫廷内外一片骚乱，于是朝廷不得已罢免了桓修的官职，把荆州又还给殷仲堪管辖，并且对他特别下诏，好言相慰，希望以此求得和解，殷仲堪等人这才接受诏书。

御史中丞江绩弹劾桓修受到杨佺期的怂恿，为了个人安全而向晋室传达不当的讯息，使朝廷受到蒙蔽而采取了错误的措施，于是朝廷下诏，免去了桓修的所有官衔。