bcftools下载

sudo apt install bcftools## 不需要再安装了
bcftools call

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进入bwa_test目录下，将bcf文件转换为variant.bcf格式

cd ~/bwa_test
bcftools call -vm PCC7942_bwa.bcf -o PCC7942_bwa.variant.bcf

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查看生成文件

less PCC7942_bwa.variant.bcf

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将上述生成的variant.bcf文件转换为vcf文件类型

bcftools view -v snps,indels PCC7942_bwa.variant.bcf > PCC7942_bwa.snps.vcf

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查看生成文件

less PCC7942_bwa.snps.vcf

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变异位点过滤

bcftools filter -o PCC7942_bwa.snps.filtered.vcf -i 'QUAL>20 && DP>5' PCC7942_bwa.snps.vcf  #过滤质量分数小于20，DP值小于等于5的位点，其中i表示include，只保留满足条件的位点。
less PCC7942_bwa.snps.filtered.vcf

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查看过滤前后位点数量的变化

grep -v '^#' PCC7942_bwa.snps.vcf |wc -l
grep -v '^#' PCC7942_bwa.snps.filtered.vcf|wc -l

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