单细胞分析数据资源汇总
数据读取
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
R语言绘图包10--Circos图的绘制:circlize包
整分面大小
【R>>ggh4x】ggplot2分面hacks
{ggh4x}:如何精修你的图片!让你的作图技能更上一层楼~
序列分析图
R包ggseqlogo |绘制序列分析图
单细胞数据整合
单细胞数据整合-1:Harmony原理介绍和官网教程
聚类热图
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
ComplexHeatmap绘制复杂热图
单细胞数据转换
# sceasy | 单细胞跨平台数据互通
单细胞不同格式数据转换——sceasy包
从AnnData到Seurat-1:最基础最稳定的转换及理解Seurat数据结构
R 调用Python
R调用Python(reticulate包的基本使用)
使用reticulate在R中调用python
什么?你能在rstudio里写python?折腾reticulate 5分钟后,我逐渐了解了一切
去除RNA污染
结合Seurat批量去除环境RNA污染(SoupX)2022-05-19
Seurat对象的SoupX筛选
单细胞克隆进化
单细胞克隆进化
loomR
loompy
loomR介绍及使用指南
R语言:使用 readr 包进行数据导入和解析
R 如何实现更快读取数据 - 使用readr包
R matrix 矩阵 整理汇总笔记
R Matrix包
R语言numDeriv包说明文档
R与bioconductor--Short Read(读取fastq) Rsamtools
Fastqc用腻了,来试下这个R包吧
GenomicAlignments: 用R处理+操作BAM文件
富集分析,msigdb数据库中有定义好的基因集,但其中绝大多数数据都是人类的;
msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
基因集富集分析(GSEA)和基因富集分析(GO/KEGG)的区别:
GO/KEGG分析是没有考虑基因表达量的,只考虑有无参与某通路,而GSEA基于基因表达数据的大小进行排序
R-fgsea包GSEA分析及可视化
单细胞数据分析中future包的使用
百日筑基篇——future.apply包介绍(R语言初识四)