单细胞分析数据资源汇总(持续更新。。。)

单细胞分析数据资源汇总

数据读取
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建

R语言绘图包10--Circos图的绘制:circlize包

整分面大小
【R>>ggh4x】ggplot2分面hacks
{ggh4x}:如何精修你的图片!让你的作图技能更上一层楼~
序列分析图
R包ggseqlogo |绘制序列分析图
单细胞数据整合
单细胞数据整合-1:Harmony原理介绍和官网教程

聚类热图
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
ComplexHeatmap绘制复杂热图

单细胞数据转换
# sceasy | 单细胞跨平台数据互通
单细胞不同格式数据转换——sceasy包
从AnnData到Seurat-1:最基础最稳定的转换及理解Seurat数据结构

R 调用Python
R调用Python(reticulate包的基本使用)
使用reticulate在R中调用python
什么?你能在rstudio里写python?折腾reticulate 5分钟后,我逐渐了解了一切

去除RNA污染
结合Seurat批量去除环境RNA污染(SoupX)2022-05-19
Seurat对象的SoupX筛选

Yu Guangchuang rvcheck

单细胞克隆进化
单细胞克隆进化

loomR
loompy
loomR介绍及使用指南

R语言:使用 readr 包进行数据导入和解析
R 如何实现更快读取数据 - 使用readr包

R数据分析:用lme4包拟合线性和非线性混合效应模型

R matrix 矩阵 整理汇总笔记
R Matrix包
R语言numDeriv包说明文档
R与bioconductor--Short Read(读取fastq) Rsamtools
Fastqc用腻了,来试下这个R包吧
GenomicAlignments: 用R处理+操作BAM文件
富集分析,msigdb数据库中有定义好的基因集,但其中绝大多数数据都是人类的;
msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据

基因集富集分析(GSEA)和基因富集分析(GO/KEGG)的区别:
GO/KEGG分析是没有考虑基因表达量的,只考虑有无参与某通路,而GSEA基于基因表达数据的大小进行排序
R-fgsea包GSEA分析及可视化

单细胞数据分析中future包的使用
百日筑基篇——future.apply包介绍(R语言初识四)

R语言入门级实例——用igragh包分析社群
R 数据可视化 —— igraph 创建图

10X单细胞(10X空间转录组)聚类算法之leiden
R语言leiden包 leiden函数使用说明

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