数据下载两种方式
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即可下载id号
- 利用perfetch id号下载数据
首先记住命令：
cat id |while read id ;do echo $id;done
cat id |while read id ;do prefetch $id ;done
#就可以下载id号对应的数据，&+()表示后台运行
nohup prefetch SRR1039511 -O ~ &
[1] 6948
(rna) vip77 16:34:09 ~/rna-seq
$ nohup: ignoring input and appending output to 'nohup.out'
# 输入一个nohup prefetch SRR1039511 -O ~ &命令后就会有这种显示，按enter 键会出现
[1]+ Exit 3 nohup prefetch SRR1039511 -O ~
ls
id nohup.out #会多出nohup.out 文件，可以查看命令运行状况
ps -ef |grep prefe #可以看见输入命令在后台运行
ps -ef |grep prefe| kill 9524 # kill后面接的是第二列数字（即为任务id），可以杀死相应进程
杀死后台运行的命令：
cat id |while read id;do prefetch $id -O ~ 1>$id.download.log 2>&1;done
ps -ef | grep "命令"
ps -ef |grep prefe|awk '{print $2}'|while read id ;do kill $id;done #可以杀死
Q1:
nohup prefetch SRR1039511 &
cat nohup.out
Read 22852619 spots for /teach/project/1.rna/1.sra_data/SRR1039510.sra
Written 22852619 spots for /teach/project/1.rna/1.sra_data/SRR1039510.sra
2019-05-07T09:51:27 prefetch.2.9.1: 1) Downloading 'SRR1039511'...
2019-05-07T09:51:27 prefetch.2.9.1: Downloading via fasp...
2019-05-07T09:52:22 prefetch.2.9.1: fasp download failed
2019-05-07T09:52:22 prefetch.2.9.1: 1) failed to download SRR1039511
2019-05-07T10:52:52 prefetch.2.9.1: 1) Downloading 'SRR1039511'...
2019-05-07T10:52:52 prefetch.2.9.1: Downloading via fasp...
一直在报错 妈呀
cp /teach/project/1.rna/2.raw_fq ~/rna-seq/ #报错，
cp -r /teach/project/1.rna/2.raw_fq ~/rna-seq/ #解决报错
cp /teach/project/1.rna/2.raw_fq/SRR1039510_2.fastq.gz ~/rna-seq/
cp: error writing '/trainee1/vip77/rna-seq/SRR1039510_2.fastq.gz': No space left #无奈啊，内部不够！！！
free -hl
total used free shared buff/cache avail
Mem: 15G 338M 768M 153M 14G
Low: 15G 14G 768M
High: 0B 0B 0B
Swap: 0B 0B 0B
#感觉好像内存占用没那么大，问了jimmy大神
df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
udev 7.8G 0 7.8G 0% /dev
tmpfs 1.6G 153M 1.5G 10% /run
/dev/vda1 50G 5.9G 42G 13% /
tmpfs 7.8G 24K 7.8G 1% /dev/shm
tmpfs 5.0M 0 5.0M 0% /run/lock
tmpfs 7.8G 0 7.8G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/vdb1 473G 406G 43G 91% /trainee1
/dev/vdc1 473G 43G 406G 10% /trainee2
/dev/vdd1 148G 58G 83G 41% /teach
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/500
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1022
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1005
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1071
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1064
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1078
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1000
tmpfs 1.6G 0 1.6G 0% /run/user/1008
#还是没搞懂
参考：
https://www.jianshu.com/p/2aecf90bf1f3
https://www.jianshu.com/p/dee6db5afeff
b站生信技能树转录组实战视频
没有解决的问题：
- prefetch 下载报错
- 内存怎么回寺 蒙圈中
感觉今天困难重重，b站生信技能树linux视频再刷一遍，先把RNA-Seq小作业做完
本篇简书纯属瞎编，没有参考价值，解决问题还得考谷歌叔叔
