芳香疗法的作用机理主要有两种主要的假说：药理学假说和心理学假说。
药理学假说认为芳香疗法通过香气作用影响人体的自主神经系统/中枢神经系统和/或内分泌系统进而影响人的情绪、生理状态和行为。
心理学假说提出芳香气味通过情绪学习、自觉认知、信仰/期望来对人体产生作用，其中主要的观点是人们对芳香气味的回应是通过我们的情绪经验产生的，这些情绪经验影响着我们对相应香气做出情绪、认知、行为和生理方面的反应。 [7]
使用方法
芳香疗法的使用方法丰富多样，按照作用部位可以分为嗅觉、触觉和口服3类。在临床应用中常将3种治疗方式相结合，形成更有效的治疗方式。吸入法、香薰法、芳香蜡烛、香瓶、干香花等方法都是通过嗅觉作用于人体。
按摩法、沐浴法、淋浴法、敷布、润肤乳和面霜等方法则是通过触觉作用于人体。芳香精油也可经口服用，内服精油会使精油与体内的处方药物一起作用发生反应，必须谨慎使用。
