2021-03-07 生信小组linux环境下的软件安装
软件管理Miniconda
软件下载器
下载miniconda
- miniconda 清华
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
- uname -a 查看服务器
- 复制对应的链接
wget *URL* #下载
安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活miniconda
source ~/.bashrc
添加镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用
查看安装的软件
conda list
安装软件
conda install fastqc -y #-y 全部回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本
卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境
查看环境
conda info --envs
#* 默认的环境
创建环境
conda create -n rna-seq python=3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #并安装软件
激活新环境
conda activate rna-seq #*换到rna-seq
退出环境
conda deactivate
