2021-03-07 生信小组linux环境下的软件安装

软件管理Miniconda

软件下载器

下载miniconda

• miniconda 清华
• https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
• uname -a 查看服务器
• 复制对应的链接

wget *URL* #下载

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

激活miniconda

source ~/.bashrc

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

查看安装的软件

conda list

安装软件

conda install fastqc -y #-y 全部回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本

卸载软件

conda remove fastqc -y

conda环境

查看环境

conda info --envs
#* 默认的环境

创建环境

conda create -n rna-seq python=3
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #并安装软件

激活新环境

conda activate rna-seq  #*换到rna-seq

退出环境

conda deactivate