1582年，首辅张居正去世，继任者相继离职。申时行一年之后登上了朝堂之巅，位极人臣。申时行由张居正一手提拔，在张居正去世后的政治风波中，难免遭受诋毁。但是，申时行有张居正作为前车之鉴，自然是处事谨慎，左右逢源。经历了这些危机之后，申时行更加受到万历皇帝的信赖。
申时行的执政理念和张居正截然不同。申时行提倡诚意。诚意为何物？可以认为是人们心中的良知。申时行说人有两个面---“阴与阳”。“阳”是人的理想，“阴”是人的私欲。在阴与阳的互相博弈中，申时行推崇“增加文官之间的互相信赖，与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳”。这种折中求全的政治哲学，是为了迎合广大文官的共同利益。朝廷中的矛盾可以分为两类：技术问题和道德问题。技术问题可以是税收的指定、人事的安排；道德问题则是人心的聚散。推崇诚意实际上是在尝试用道德方法来处理这些矛盾。通过文官之间的和衷共济，政治得以清明，刑法得以公正，民心得以淳厚。在某种程度上，这迎合了传统封建的治国思想---礼仪至上。形形色色的繁文缛节是为了在人们心中树立“皇帝以一人而君临天下，具有最高的权威，实因天意之所归”的意识。用道德作为百官行为的规尺，是为了达到群臣之间的行政默契。
可是，过分依赖道德准绳，申时行也受到了一些人的诟病，这是可想而知的。道德有别于法律，道德像一条橡皮筋，可以时而伸长，时而紧缩；法律则是缰绳，稍一发力，便可扼住咽喉。“因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法”。以此为纲领的政治体系不为公平，只为太平。申时行在朝堂纵横耕耘数十年，不可不对其了然于胸。即使在受到指责的时候，申时行也没有像张居正一样，消灭侧己，他在张居正逝后悲剧的内幕中得到了教益。理想中的政治制度在当时的封建政府中，不可能得到全面有效的施行，坦然地接受事实，并作出让步，才是明哲保身。
黄仁宇先生在文章的最后，提出了一个重要的观点：“文官的双重性格：即虽称公仆，实系主人；有阳则有阴”。后者已经在前面说过，对于前一个观点，可以认为是：文官是富有个性的群体，他们需要得到尊重。张居正对文官集团的厚此薄彼、言行不一，破坏了文官对张居正的信任。相反，“申时行用恕道待人，有鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙”。申时行对于文官集体的退让，得到了广大文官的褒扬，虽被少部分小人用来嚼舌头，但申氏早已处变不惊。
