申时行，1562年在299名竞争者中高中状元，后来成为万历皇帝的老师，在一众老师中教授科目最多，任课时间最久。皇帝十岁时手书“责难陈善”四字赐予申时行，希望老师能规劝他的过失，提出有益的建议，而且还经常赐予老师礼物，这些礼物既有关怀性质的，如菖蒲、折扇，也有物质意义的，如白银、彩缎，可见师生之间的情谊非同一般。而能做皇帝的老师，也从侧面证明了申时行在政治、学术、道德等方面必然有出类拔萃的表现。

        虽然身为皇帝的老师，但申时行也不是必然的首辅，他当上首辅，有一定的运气成分。张居正逝世后，继任者是张四维，但继任不出一年，张四维的父亲去世，张四维离职丁忧，申时行代理，后来在居丧将要满期时，张四维病死，而在这之前，比申时行资历更老的两名大学士也已病死，所以，资格最浅的申时行走到了最前面，成为了正式的首辅。

        申时行从未做过京城以外的官，一个缺少实务经验的学者如何可以做中华帝国的掌舵者？这是因为古代中国政治统治的根基来源于道德。

        在封建时代后期，科举制日益发展，科举成为进入仕途主要的途径，读书而不入仕途，就很少有机会能表现他们的才能，因此科举制度网罗了几乎所有的读书人。而在明朝，想要金榜题名，就必须细心研读官方确定的经过朱熹注释的四书五经，如此一来，通过科举考试进入仕途的官员们拥有了统一的思想基础，他们形成了一个具有共同思想的集团，也就是“文官集团”。

        文官集团熟读四书五经，对事物的看法更为一致，也有更高的知识水平，他们自然而然的成了实行统治的主要渠道，事实上他们并不是某个实权人物的行政工具，而是权力的源泉，任何一项政策想要付诸实施，全看它与文官集团的需求和习惯是否一致或至少不矛盾，否则理论上的完美，也不过是空中楼阁。

        文官集团的思想基础在四书五经，当时的条件，通信技术不发达，任何政治领袖想要实现对文官集团的领导，就必须实现对四书五经中宣扬的道德的领导，通过一系列繁琐的礼仪制度体现中央政府的诚意和道德，让文官集团紧紧围绕中央，自觉维护帝国的统治。这就造成了这样一种现象，道德至高无上，它不仅可以指导行政，甚至可以替代行政，大政治家实际上是大道德家，主要责任是强化四书五经的道德力量，维护整个文官系统的团结，这也造成文官集团缺少务实精神，行政效率低下，充满惰性。

        即使如此，帝国首辅们也找不到更好的办法，假如没有这些观念和原则，政府靠什么而存在，如何使上下官员对事情有一致的看法？因此首辅的一大职责就是主持各项繁琐的礼仪，使上下各安其位，各尽本分。其中最惹人怨恨的一项礼仪就是经筵，“经筵”指的是皇帝和重要官员的集体学习活动，经指讲学，筵指学习后官员们共同进餐。经筵的时间很长，仪式也繁琐，历时大半天只有讲官可以口讲指划，对于包括皇帝在内的所有人都是一种折磨。任讲官多年，后来又负责统筹经筵全盘计划的申时行尤其能够体会这种痛苦，也应该最有停止这一令人折股伤筋的节目需求，但是他没有，即使皇帝经常借口拖延，即使大臣们牢骚满腹，他也依然抖擞精神，兢兢业业的督促这一仪式的进行。

        一个原因是经筵本身的作用，经筵的目的在于发挥经传的精义，指出历史的借鉴，达到古为今用的目的，如果讲官敷衍塞责或逢迎恭维都是失职，这样讲官可以委婉的规劝皇帝，而皇帝不能责问和指斥讲官。更重要的原因是这一制度的仪式性，像经筵这样的礼仪制度，表现了皇帝和大臣们坚决地在经典和史籍中寻觅最有效的方法，以期达到大同之治。这就像当今社会的庆典、悼念仪式等，也是以一种仪式凝聚起参加者甚至全体人民的情绪。所以，身为文官之首的申时行，有必要竭力维护这种仪式制度，不使间断。

        以伦理道德治国的效果并不完美，在实际运作中出现了经与权、阴与阳的区别。虽然文官集团都经过系统的培养，但依然不能铁板一块，有以海瑞为代表的道德典范，一介不苟取于人，但也有相当数量的官员沉醉于搜刮以自肥，更有大部分官员在合法与非法之间取得一部分额外收入，还有一些官员为了自身安全，形成了各种各样的小集团，文官集团们各有私心，使得理想中的政治模式无法实现。

        文官集团理想的领袖是能以个人声望调和各种极端，通过发挥中庸和恕道的精神保持集团整体的稳定和团结，除非把文官全部罢免，代之以不同的组织和不同的原则，否则身为首辅只能和文官集团合作，按照他们的共同意志办事。申时行前任的八个首辅，鲜有人能善终，原因正是因为和文官集团产生了矛盾。

        申时行的前任张居正，十年新政重点就在于改变文官机构的作风，加强行政效率，矫正文官集团一潭死水般的作风。税收改革是一项重点，明朝一千一百多个县，税额一经确定，就因袭不加修改，许多县份的土地几个世纪都没有重新丈量过，期间肯定有增有减，有的地区甚至地形都有了改变，过去所定的税额与实际情况已经大相径庭，至于土地所有权，几经典押，所有者已经难以认清。税额较低的县份即使耕地收入有所增长也已经把低税额视作当然，税额较高的县份更是无法足额缴纳赋税，赖粮在各地已经司空见惯，再加上地方政府层层盘剥，从里长到县长总是先扣常例，如此一来，中央能收到的税收更是严重缩水。

        张居正上台后一项重要改革就是重新丈量土地，要求各地把税收按照规定全额不足，为了提高行政效率，张居正事事亲力亲为，甚至设计各种表格，严格规定填报日期，但即使他再有能力，依然只能做到局部的整顿，无法完成体制上的革新，同时也引起了行政系统内部的不安，违背了文官集团标榜的仁厚精神，也与平素的精神领导、间接管制的形式不符，极易引起文官集团的内部分裂。张居正崇实的作风引发读书人的厌恶，张居正没有采用温和的方法敬而远之，而是毫不留情的表现出轻蔑，更是开罪了文官集团。

        张居正的严格监视百官，以个人标准加以升迁和罢黜，指使检察官检举对他不利的人物，加上“离经叛道”的政策，令文官集团失去了安全感，1585年，张居正严格的“考成法”被废，张时代唯一有组织性的条例就此撤销，文官集团又恢复了往日的一潭死水。

        相比张居正强烈的控制欲，申时行试图通过不断的举行礼仪宣传恕道和诚信来管理文官集团，他努力维护儒家的传统道德，替勇于谏诤的官员说好话，例如邹元标。1587年京察力主人事稳定，稳定了文官集团的情绪，也稳定了自己首辅的地位，同时与万历皇帝的关系日益亲密，申时行利用这两层关系尽力调济皇帝与文官集团的关系，尽到了首辅的责任。但效果依然不够明显，因为此时的万历皇帝本身已经不再相信这些道德，他已经放弃了诚意，不在配合应有的仪式。

        即使申时行老成持重，但依然不免受到政治攻击，高启愚案更是一度将他推到悬崖边缘。高启愚是申时行心腹，正在官员亨通之时被检举主持乡试时所出的题目“舜亦以命禹”是在宣扬禅让，向张居正劝进。检举后申时行为高启愚辩护，二辅许国又为申时行辩护，结果二人均离职家居待勘，最终万历意识到这是三辅王锡爵一派的政治斗争，于是为了平衡政局，没有让检举者如愿，此次风波让申时行地位稳固，但也改变不了之后被卷入争端，直到提出解呈十一次之多，才奉准退休。