partitionfinder2是使用python2编写的,因此安装它的依赖包必须都是python2版本的,其中tables就是一个安装比较困难的包,在PYPI中找到tables的历史版本,tables==3.2.0适用于python2和3
conda activate py27
python -m pip install tables==3.2.0 #依然有报错,HDF5什么的
conda install hdf5 c-blosc #注意查看安装的路径,下面需要用
export HDF5_DIR=/path/to/hdf5
export BLOSC_DIR=/path/to/c-blosc
python -m pip install tables==3.2.0 #还是有报错,什么python版本问题,但其实是里面有一个包的问题:numexpr版本太高了,重新安装一个低版本的
python -m pip install numexpr==2.6.2
python -m pip install tables==3.2.0 #这次终于成功了!!!
中间还以为是pip的问题,还更新了pip
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade setuptools
顺便说一下partitionfinder2安装的问题,主要是依赖包没安装好,在Python2版本下用conda安装numpy pandas pyparsing scipy是比较容易的,比较难的是scikit-learn和tables。
tables按照以上方法安装,scikit-learn其实也叫sklearn,安装如下:
pip install -U scikit-learn