1、FastQC的安装
进入biosofts目录，下载fastqc安装包，wget 加安装包路径
cd ~/Biosofts
#wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
image.png
将安装包文件解压缩
unzip /disk1/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/
image.png
对FastQC增加执行权限，并查看安装情况
chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc ##增加权限
~/Biosofts/FastQC/fastqc -h ##查看安装详情
加入环境变量
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc
image
安装成功
suource ~/.bashrc
fastqc -h
image
利用fastqc评价测试数据质量
fastqc /disk1/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R2_001.fastq.gz -o ~
image
下载到windows查看结果
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结果显示
4. multiqc整合多个质控结果
安装conda环境，和python2环境
conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y
conda activate python2
等待响应
#conda install multiqc
conda install multiqc -c
等待ing
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
multiqc .
输入y,等待结束
image.png
image.png
multiqc .
结果
D$ZCPQ68FNN(93CP6L)%@$L.png
LW[QB$]MMDR$]Q~$BK6CHYX.png
