安装MultiQC
## 安装conda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
## 安装python2环境
conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y
conda activate python2 ##切换到python2环境
conda install multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
下载fastq文件
以SRR8073294、SRR8073207为例 ##它们比较小,下得快
EMBI-EBI ##为啥不用NCBI,因为找不到wget下载的ftp地址, 反正一样,用EBI好啦
有ftp地址,可以直接wget;有SRA ID ,可以直接prefetch,但是下载了,还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件
直接右键,复制链接,得到ftp地址,wget 超级快,批量下载fastq文件,多快乐
fastqc评价测试数据质量
multiqc整合多个质控结果
multiqc_report.html 可以直接在图形界面打开,也可以下载到本地,用Windows的浏览器打开查看
multiqc_data包括一些数据基本的统计和日志文档