安装MultiQC,同时对两个以上的fastq文件的数据质量做出评价

安装MultiQC

## 安装conda

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

## 安装python2环境

conda create --name python2 python=2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y


conda activate python2    ##切换到python2环境



conda install multiqc

conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda


下载fastq文件

以SRR8073294、SRR8073207为例    ##它们比较小,下得快

EMBI-EBI    ##为啥不用NCBI,因为找不到wget下载的ftp地址, 反正一样,用EBI好啦



有ftp地址,可以直接wget;有SRA ID ,可以prefetch,但是下载了,还要用fastq_dump解压

有ftp地址,可以直接wget;有SRA ID ,可以直接prefetch,但是下载了,还要用fastq_dump解压转换为以fastq.gz结尾的文件

直接右键,复制链接,得到ftp地址,wget 超级快,批量下载fastq文件,多快乐


建了一个文件夹放下载下来的fastq文件

fastqc评价测试数据质量

建了一个文件夹放fastqc评价数据质量的结果


result文件夹


fastqc后的结果,整整齐齐

multiqc整合多个质控结果

然后在当前目录下multiqc啦,直接写multiqc .也可


没有另建文件夹放multiqc的结果,所以结果还在result下面

multiqc_report.html 可以直接在图形界面打开,也可以下载到本地,用Windows的浏览器打开查看

multiqc_data包括一些数据基本的统计和日志文档

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