multiqc的安装与运行
1、multiqc的安装
1）安装conda
#下载conda包
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
#安装conda
bash Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh
#配置环境
echo 'export PATH=~/anaconda3:$PATH' >> ~/.bashrc
#使环境生效
source ~/.bashrc
#查看是否成功
conda --version
2）安装python2环境
#指定版本号 并配置中科院源
conda create --name python2 python2.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y
#报错
#更换 中科大源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda config --set channel_priority flexible
##试了很多，但不知道不知道是那个生的效。感觉可能是：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
#激活python2
conda activate python2
3）安装multiqc
（1）第一次尝试
#在python环境下下载multiqc
conda install multiqc
#给mutiqc配置清华源
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
#查看是否安装成功
multiqc .
#报错
（2）第二次尝试
提高python版本 配置python3.5
conda create -n python35 python=3.5 anaconda
conda activate python35
#在python环境下下载multiqc
conda install multiqc
#给mutiqc配置清华源
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
#查看是否安装成功
multiqc .
仍然不成功
（3）第三次尝试
下载最新版conda
到官网去找，复制链接
1)安装conda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh
gedit ~/.bashrc
source ~/.bashrc
2）配置python3.7环境
conda create -n python3.7 python=3.7
#报错
#安装最新版本
conda install conda=4.14.0
#激活python3.7环境
conda activate python3.7
#查看是否安装成功
conda info --envs
#配置指定源的python
conda create --name python37 python=3.7 -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ -y
conda activate python37
#安装multiqc
conda install multiqc -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
multiqc .
#使用fastqc进行质量测评
fastqc RNA_sub_R1.fastq.gz RNA_sub_R2.fastq.gz -o ./
#multiqc对fastqc的结果进行整合
multiqc RNA_sub_R1_fastqc.zip RNA_sub_R2_fastqc.zip -o ./reporter
#使用文件传输工具，将结果传到windows上进行查看
2、multiqc的使用
multiqc[OPTIONS] <analysis directory>
Options:
-f, --force 重写已存在的报告
-s, --fullnames 保留样本名称
-o, --outdir TEXT 报告输出路径
-l, --file-list 提供包含搜索路径列表的文档（每行一个）
-z, --zip-data-dir 压缩数据目录
-p, --export 将报告中的图导出为静态图
-fp, --flat 只使用平面图（静态图）
-ip, --interactive 只使用动图(HighCharts Javascript)
--pdf 输出PDF格式的报告（需要安装Pandoc
