看到很多公司招人的目的是帮助他们构建分析流程,另一方面,之前的自己的脚本也挺混乱的,有必要整理,于是最近开始看了流程构建工具,于是有了这个文集。
在流程构建的工具中,snakemake应该是最出名的。不过,我偶然看到了nextflow,感觉它的生态不错,同时,我搜索了一下,nextflow的中文教程感觉不够系统,基本都是git clone一个nf-core的数据,展示一下,感觉对于小白来说并不友好。另外一个问题是,维护nextflow的是一个欧洲的lab,其官方文档的英语读起来感觉味道不是很对,因此,我打算官方的文档翻译成中文,方便更多人学习。同时也记录一下自己遇到的问题。
挖个坑,后续想看看snakemake有没有比较系统的中文教程,如果没有的话,自己也学一下,然后整合到这里来。