h5Seurat 文件格式专门用于存储和分析多模态单细胞和空间分辨表达实验数据，例如来自 CITE-seq 或 10X Visium 技术的数据。它包含所有分子信息和相关的元数据，包括最近邻图、维度缩减信息、空间坐标和图像数据以及聚类标签。同时还支持 h5Seurat 和 AnnData 对象之间的快速和磁盘上的转换，旨在增强 Seurat 和 Scanpy 之间的互操作性。
例：下载的h5ad格式的单细胞数据，想转换成R的Seurat格式进行后续分析，需要用到SeuratDisk R包。但是网上使用conda等方式安装的在我的路径下会遇到各种各样的问题，所以这里我使用手动下载安装的方法会在一定程度上减少个人环境配置的差异，更加具有普遍适用性。
下载和安装
- 下载： https://libraries.io/conda/r-seuratdisk点击"Downoad"下载得到 r-seuratdisk-0.0.9019-ha770c72_0.tar.bz2
# 2.安装
cd ~/software/tools/SeuratDisk
conda install r-seuratdisk-0.0.9019-ha770c72_0.tar.bz2
## 如果在过程中遇到需要升级的输入y升级后即可完成
## 如果环境依赖其他的包可以使用 conda install XX来进行安装 例:conda install -c conda-forge hdf5
# 检查是否安装成功
R
library(SeuratDisk)
#Registered S3 method overwritten by 'SeuratDisk':
# method from
# as.sparse.H5Group Seurat
使用示例
# 3.使用
library(Seurat)
library(SeuratDisk)
setwd('/home/name/path_to_your_files/')
# 转换 .h5ad 文件为 .h5seurat 文件
Convert("./data/Global_lognormalised.h5ad",
assay = "RNA", dest = "h5seurat", overwrite = TRUE)
# 读取 .h5seurat 文件为 Seurat 对象
seurat_object <- LoadH5Seurat("./data/Global_lognormalised.h5seurat")
# 检查 Seurat 对象
print(seurat_object)
# 保存为rds格式
saveRDS('./data/Global_lognormalised.h5seurat')
Error: Missing required datasets 'levels' and 'values'
# 报错
seurat_object <- LoadH5Seurat("./data/Global_lognormalised.h5seurat")
#Validating h5Seurat file
#Initializing RNA with data
#Adding counts for RNA
#Adding feature-level metadata for RNA
#Error: Missing required datasets 'levels' and 'values'
# 解决
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