Linux软件安装
1.安装须知
1.1.Linux的应用商店
Conda
是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
Miniconda(生信分析首选)
只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。
优势：小巧，节省空间，只携带了conda所必须的依赖包。
Anaconda
是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。
2.Miniconda安装
2.1.进入Linux系统
查看版本信息
uname -a
2.2.进入清华镜像网站获取Miniconda下载地址
2.3.从服务器进入
cd biosoft
2.4.下载Miniconda
wget #加下载链接
2.5.安装Miniconda
运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
全程遇到yes/no 选yes
遇到more 按 enter
2.5.激活conda
source ~/.bashrc
2.6.判断安装成功
输入conda，有很多的信息，则安装成功
2.7.添加镜像
镜像地址来源于生信星球微信公众号
使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3.使用conda安装软件
3.1.查看软件列表
conda list
3.2.安装软件fastqc
conda install fastqc -y
3.3.判断软件安装是否成功
输入fastqc --help，有帮助文件则安装成功
3.4.卸载软件
conda remove fastqc -y
4.conda环境构建
根据数据分析要求有时需要选择不同版本的软件进行分析此时就需要构建不同的conda环境安装不同版本的软件
4.1.查看当前环境
conda info --envs
4.2.新建环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
4.3.再次查看环境
conda info --envs
4.4.更换环境
conda activate rna-seq
4.5.退出当前环境，回到默认环境
conda deactivate
5.思维导图
