1908年（清光绪三十四年），清德宗光绪皇帝驾崩，但实质今日，关于这个苦命天子的死因仍旧是个谜团，虽然在光绪的遗骸中发现了氰化物残留，但是否他的死因与慈禧有关，还真的不好说，如果把这个罪责强加给慈禧的话，显然是不尊重历史的。
众所众知，光绪皇帝因为“百日维新”而被慈禧囚禁在瀛台之中。后来，正值盛年的光绪帝突然驾崩于瀛台涵元殿，年仅38岁，而就在他死后一天的时间里，慈禧老佛爷也殡天归西。两个相互敌对的人，死的时间如此接近，这不得不让人有种种猜忌。
在《清史稿》中记载了光绪的死因，前面的铺垫为德宗自幼患有肠胃疾病，素来虚弱。庚子西狩之后，更是时常犯病，加之此时与太后之间有了隔阂，时常被太后训诫，因此身体更加不堪。光绪三十四年之时，已经病入膏肓，因此驾崩。
虽然《清史稿》有所记载，但历史学者们认为可信度不高，毕竟这是一部在光绪死后编写清廷记录，真实性有多大还不好说。
第二种说法不论在民间还是学术界，都比较广泛。那就是慈禧谋害光绪之说，持这种观点人认为光绪帝在“戊戌变法”之时的激进表现和忘恩负义的做法彻底激怒了慈禧。慈禧对他那份关爱之心此时已经荡然无存。虽然光绪被软禁在瀛台，但是那些保皇派们却极依靠他，康有为等人还在国外成立“保皇公司”并印发报纸，要求华人捐款，自己回国擒杀慈禧，救出皇帝。这些报纸源源不断流到大清国，慈禧也看过了这些大逆不道的妄言。因此，慈禧变本加厉的惩罚光绪。
到了自己快要日暮西山之时，慈禧知道自己时日不多，若是不除去这个孽障，早晚有他东山再起之日，到那时自己或许被他从陵寝中挖出，暴尸荒野也不足奇。于是她决定加害光绪。
曾担任过光绪起居住官的晚清大臣珲毓鼎在清朝湮灭之后，写过一本《光绪外传》。他在其中记录了光绪帝临终前的状况：光绪三十四年秋，突传病重消息，传召御医携京城名医诊视。此时，德宗仍可自己书写病情。入诊后，御医宣称德宗身体尚健，并且开具一些温补之方。不几日后，德宗果然面有红润。十月初十，太后寿旦，德宗出瀛台，替太后祝寿。某亲眼见德宗活动筋骨，为跪拜大礼做准备。十九日，宫廷大乱，侍卫持刀而立，稽查出入，此时有传闻流出“帝已驾崩！”次日，宫中恢复平静，午后传载沣监国、宣统帝（溥仪）入宫教养之命。皇后（隆裕）入瀛台探视，德宗早已气绝，太后闻言后叹息几声，不再言语。
珲毓鼎这本小册子印刷之后，坊间纷纷猜测，大致认为光绪被人害死。而大多数人则认为毒害光绪之人，正是李莲英，因为他是慈禧的心腹，由他来干最合适。此时，早已离开宫中的晚清格格裕德龄，则对外明确指明毒死光绪者就是李莲英。
但很快在恩济庄中居住的几个老太监则表示，李莲英毒死光绪之说纯属无稽之谈。并且指出，光绪被囚禁瀛台之后，对他最关心的就是李莲英。而且光绪逢人便说，对自己最好的莫如李安答（光绪称李莲英为安答）。这几个老太监还指出，在光绪驾崩后，根本就没人打理他的遗体，隆裕皇后到了后，见到硬邦邦的尸体，一滴眼泪都没掉，催嚷着找件干净衣服临时做寿衣。最后，找了件太监穿的白麻小褂权且暂代。可衣服换了一半儿的时候，宫内传信，老佛爷快要不行了。隆裕皇后转身就走，光绪皇帝就被冷冰冰的晾在一边。多亏李莲英及时赶到，一边哭一边亲手给换了寿衣，而且后面的大葬全是他一手操办。
这几个老太监声称自己亲眼所见，不会有假。并且一致认为，光绪并非死于毒杀，而是活活饿死的。因为光绪患有肠胃病，一直不好，加之受了惊吓，身体更加不堪。但除此之外，再无其它大病。御医来看过，开具的也不过是些去火保肝的药。然后，就在光绪皇帝死前，这些太监就接到光绪已经驾崩的消息。当时，负责在瀛台伺候光绪的共有六个小太监，其中两个就是因为饥饿而死，剩下的四个见皇帝不受待见，自己溜出去找吃的，才没人管皇帝饿不饿。有时候给皇帝的饭菜本就不多，他们还要先吃一些。到了皇帝那里，就剩可怜的一点点了。皇帝也不敢问，怕传到太后耳朵里，太后又骂自己不知道先帝爷入关时的苦楚，不懂得节俭就是个昏君。后来，剩下的四个小太监，其中三个“因饿失血者又凡三人”，最终就剩下一个小太监伺候他。
光绪死前，让这个小太监找来一个姓周的太医，这个周太医写过的日记后来被后人展示出来，其中写道“帝仰卧冷炕之上，双目瞪如牛，满是血丝，四次用手指口，周某知帝饿急，然身边未带食物，无奈只好请罪，帝见如此，便不再语。不多时，气息全无......”
依照恩济庄的几个老太监和周太医的说法，光绪皇帝是因为饥饿而死，而不是谋害致死。为了找寻到光绪真实的死因，在2008年之时，研究人员对光绪皇帝的遗骸进行了检测。事后在“清光绪皇帝死因报告会”上给出答案，称光绪骨骼中残留剧毒成分，属于砒霜中毒。但至于下毒者是谁，这个就没法研究了。
但很快，有清史学者给出答案，认为不应该是慈禧下毒，而真正下毒者是袁世凯。因为袁世凯获悉慈禧快要殡天的消息后，便提前下了毒手。因为他被人怀疑是因为他的告密才导致戊戌变法的失败。如果慈禧殡天，光绪还政的话，那么第一个要铲除的必定是自己。于是一不做二不休，先下手为强，赶在慈禧的前面把光绪害死。另外，袁世凯当时主管北洋军队，他有这个条件谋害光绪皇帝。
