公元57年，光武帝刘秀驾崩，太子刘庄即位，是为明帝，阴皇后被尊为皇太后，马氏被封为贵人。
明帝另一位贵人贾贵人给明帝生下皇子刘炟，明帝将孩子交给马氏抚养，马氏待他如同亲生，呵护备至。
养子与马氏虽没有嫌隙，关系如同亲母子，马氏仍然很得宠，但若想立为皇后，仍然困难重重。
马氏没有孩子，而当时刘庄的贵人里还有一位是阴太后的侄女。多亏明帝和阴太后都是贤明之人，以能治理后宫德才兼备为选择皇后的条件。
公元60年，群臣上奏请立皇后，明帝又奏请阴太后，太后便说马氏足以担当皇后之位。
于是，马氏从后宫佳丽中脱颖而出，成为一国之母，养子刘炟被立为太子。
册封为皇后以后，马皇后便尽心地打理起后宫来，就像小时候操持家务一样，将后宫打理得井井有条。
虽贵为皇后，但是她十分节俭，只穿粗布衣服，也不好食山珍海味，日常所用都出于平常之物。
后宫妃嫔多喜好游玩，喜好皇上打赏，而马皇后则总是提醒皇上要勤于政务。
公元70年，喜好黄老之法以及多结交游士的楚王刘英有谋反的嫌疑，论罪当诛，但是明帝念及兄弟手足之情，只将其封爵废黜。
公元71年，刘英自杀。受此事牵连的人很多，有很多是无故受牵连的，明帝查此案一直查了好几年。
马皇后非常担心，就向明帝奏请应尽早了结案子，不应该连累无辜的人。如果案情无限扩大，只会造成更多的冤狱。
明帝听后非常有感触，半夜无法入眠，仔细思索皇后的话语。后来果然迅速将案件了结，马皇后才展开了笑颜。
从此以后，明帝一有什么比较难解决的问题，下朝后就经常找皇后商量。
皇后也尽自己之力帮助皇上排忧解难，监督他不要犯下失误。如此贤后，明帝对她也怀有深深的敬意。
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