袁崇焕上奏崇祯，若毛文龙抗违节制，则以军法从事。
崇祯圣旨：“毛文龙久驻东江，宜遵新制，协心任事，共图恢复。如仍跋扈抗违，即行参处，军法从事。关外军机，卿便宜行事，朕不中制。”
《策画东江事宜等事疏》崇祯2年3月，不意三月初七日见督师尚书策画东江事宜一疏。（《明清史料》甲编，通行校本见《袁崇焕集》卷一）：毛文龙有节制诸将、实心任事则听之；若仍前骄恣、抗违节制，臣则以军法从事。……
崇祯圣旨：“毛文龙久驻东江，宜遵新制，协心任事，共图恢复。如仍跋扈抗违，即行参处，军法从事。关外军机，卿便宜行事，朕不中制。该部知道。钦此”
袁崇焕檄文龙在今后旅顺东行文龙印信，西行督师印信，又檄定营制，又檄谕恢复镇江旅顺，毛文龙俱未遵依。崇祯已有圣旨：“毛文龙久驻东江，宜遵新制，协心任事，共图恢复。如仍跋扈抗违，即行参处，军法从事。
《崇祯长编卷之二十三》：“檄文龙今後旅顺东行文龙印信西行督师印信又檄定营制又檄谕恢复镇江旅顺毛文龙俱未遵依。”
崇祯回旨，说你袁崇焕【具疏待罪】，但之前是【已奉明纶】的，所以，你袁崇焕【仍着安心任事】。
《朝鲜王朝实录 仁祖大王实录》仁祖七年八月八日：“【原不中制, 具疏待罪, 已奉明綸, 仍着安心任事, 一切善後事宜, 委任道將料理】。”
《崇祯长编》：“壬申，谕兵部朕：以边事付督师袁崇焕，阃外军机听以便宜从事。
自是行军纪律，【具疏待罪，已奉明纶】。一切善后事宜委任道将，仍榜示东江各岛，元恶既正典刑，逆节尚未及发，姑从宽议。”
崇祯自己公开说：“已奉明綸， 仍着安心任事。”
