合并感染又称为混合感染或多元性疾病，从20世纪90年代至今，合并感染成为禽病流行的特点和主流。合并感染可分为原发和继发性两种，原发性是指一开始机体就有多种病原同时感染，然后又有新的病原参与与侵害。
合并感染由于机体受多种病原侵害，病情重，死亡率高，临床症状和病理变化都比较复杂，在诊断时难以鉴别，容易误诊。治疗时往往会顾此失彼，难以收到满意的效果，所以在诊断时一定要进行全面检查，详细观察症状、解剖病变，必要时结合实验室诊断，综合分析判断，查清病原，然后制定合理的治疗方案，家禽致病的原因，不外乎病毒、细菌、寄生虫和营养代谢四方面因素，各种因素相互组合会造成不同的混合感染类型，临床实践中要具体分析，灵活掌握，治疗疾病没有固定不变的方案，但应掌握以下原则:1抓住主要矛盾:合并感染中对机体危害最大，造成死亡的主要病原是首选重点控制对象。病毒和细菌混合感染，重点先控制病毒，配合使用抗菌药物。传染性法氏囊炎其他病原合并感染时，不管其他病原是病毒、细菌或是其它因素，先控制传染性法氏囊病毒感染，恢复机体的免疫功能，然后应用疫苗和药物才能发挥良好的作用，促进机体康复，否则机体没有抵抗力，使用任何疫苗和药物也都不能产生良好的效果。
2分清主次，双方兼顾，标本兼治:经过仔细诊断，确定病原之后，在控制主要病原的同时对次要的混感因素也不可忽视，要双方兼顾，治疗同步进行。根据家禽发病的具体情况，区别对待，急则治其标，缓则治其本。如家禽发生高烧、呼吸困难、久泻不止的危急症状，首先清热、止咳平喘、止泻防止脱水，迅速缓解症状，避免造成大量死亡。如果大群家禽饮食基本正常，很少死亡，那么治疗重点再治本，消除病因为主。
3中西结合，优势互补:西药见效快，但容易产生耐药性，中药见效慢，可以标本兼治，不易产生耐药性，所以中西药结合可以优势互补，是防治禽病的最佳方案。
4加强饲养管理，促进机体康复，防治复发:加强饲养管理在预防疾病尤为重要，切不可疏忽大意，一定要树立养重于防，防防重于治，预防为主的思想。动物和人一样，治疗原则是三分治病七分养，特别是混合感染的家禽，受多种病原的侵害比较严重，体质虚弱，需要补充营养。配合饲料既要营养全面又要比例平衡，必要时还要补充一部分多种维生素和氨基酸，促进机体康复。除此之外，患病期间禽舍内的环境严重污染，会有大量的病原微生物存在，必须进行彻底打扫干净进行严格消毒，搞好环境净化。另外，上一批成熟出栏后，无论在饲养过程中是否发生过严重的病原感染都要对禽舍彻底进行熏蒸消毒或应用广谱高效的消毒液(例如新碘安消等)喷洒消毒，不留死角，并要空舍一定时间(10天以上)。需要补充接种疫苗的应及时补充免疫，才能防止二重感染。
