铲除了权倾朝野的苏我氏之后，皇极女皇决定退位，并想把皇位传给中大兄皇子，但是中大兄皇子没有立即回复皇极女皇，而是找中臣镰足商量。
中臣镰足认为：中大兄皇子的兄长古人大兄皇子仍健在，对中大兄而言，继承皇位的时机尚不成熟，不如让中大兄皇子的舅舅轻皇子即位，这样中大兄皇子就会赢得人心，巩固自己在朝廷中的势力。
中大兄皇子听从了中臣镰足的建议，向皇极女皇表明了态度，于是皇极女皇禅位，轻皇子践祚，是为孝德天皇。不过这一次的皇位更迭出现了一个明显的变化，乙巳之变以前，凡前任君主死后，皆由诸臣合议选定皇位继承人，并由群臣向新任君主献上象征皇权的宝器。但在皇极女皇禅位，轻皇子即位的过程中，不仅没有经过诸臣合议的环节，而且象征皇权的玺绶也是由皇极女皇亲手交予孝德天皇的。因此，皇极女皇禅位可以说具有划时代的意义。
孝德天皇即位之后，奉皇极女皇为皇祖母尊，以中大兄皇子为太子，阿倍内麻吕为左大臣，苏我石川麻吕为右大臣，中臣镰足为内臣，同时还任命从唐朝留学归来的僧旻和高向玄理为国博士。
紧接着，孝德天皇与退位的皇极女皇、中大兄皇子召集诸臣在飞鸟寺西边的榉树下，共同对天地神祇盟誓：
天覆地载，帝道唯一。而末代浇薄，君臣失序。皇天假手于我，诛殄暴逆。今共沥心血。而自今以后，君无二政，臣无贰朝。若贰此盟，天灾地妖，鬼诛人伐。皎如日月也。
由此看出，倭国的君主还不具备绝对的权威来维持君臣秩序，而要借助天地神祇的介入，方才稳定统治。
君臣盟誓之后，朝廷起用日本历史上第一个年号“大化”。大化的出典有二，一是取自中国《易经》的“大化流行，生生不息”，二是取自中国《尚书》的“肆予大化诱我友邦君”，意为“伟大的教化”。
大化二年（公元646年）元旦，倭国朝廷发布“改新之诏”，拉开了大化改新的序幕，从而改变了倭国社会的历史走向，具体内容如下：
经济上：废除私人田庄和部民制，实行土地公有。这样一来，皇室贵族，地方豪族的部民和屯仓、田庄均收归国有，国家赐大夫以上的高官以食邑。除了朝廷保留部分手工业部民外，其他部民全部转为直接向国家缴纳赋税的自由农民，即所谓的“公民”。在土地国有，部民转公民的基础上，大和朝廷颁布实施了班田收授法与租庸调制，这一项政策很明显具有浓厚的隋唐制度的影子。所谓班田，就是六年为一班，每隔六年，政府就班给6岁以上的男子口分田2段，女子为男子的三分之二，私奴婢为公民的三分之一，官奴婢与公民同数。受田人死后，口分田由国家收回。班田农户负担租庸调。租，就是实物地租，受田每段缴纳稻谷2束2把。庸，是劳役及其代纳物，凡50户充仕丁1人，50户负担仕丁1人之粮，每户交纳庸布1丈2尺，庸米5斗。调，就是交纳地方特产，又分为田调、户调、付调。田调按土地面积的多少征收。1町征收绢1丈、 2丈、布四丈。户调则按户征收，其数量为每户交纳布一丈2尺。付调按照各乡的土特产征收。从内容看，班田收授法与租庸调制就是模仿唐朝的均田制与租庸调制建立起来的。
政治上，大和朝廷则是在推古朝改革的基础上，进一步强化君权，确立中央集权的天皇制封建国家，中央设八省，八省官员负责各项事务，地方设国、郡、里，分别由国司、郡司和里长来治理当地。这一套从中央到地方的行政制度都参照了唐朝三省六部制和州县制度。
大化三年（公元647年），倭国朝廷又模仿唐朝，制定了冠位服色，最初是七色十三阶冠位，两年后又制定十九阶冠位，将冠位制进一步细化，大夫以上的贵族赐予食邑，以下则给予布帛作为官员俸禄。十九阶冠位具体包括大织、小织、大绣、小绣、大紫、小紫、大花上、大花下、小花上、小花下、大山上、大山下、小山上、小山下、大乙上、大乙下、小乙上、小乙下、立身。
大化改新为倭国制定了从中央到地方的一整套规范的政治制度，从而走上了律令制国家的发展道路。
就在倭国发生乙巳之变和进行社会改革之时，远在长安的唐太宗已开始厉兵秣马，大唐东征序幕已经拉开了，东亚国际格局将迎来新的剧变。欲知后事如何，且听下回分解。
