中大兄皇子是舒明天皇与皇极女皇的长子，也是皇位继承的有力候补者之一。但是如前所述，苏我入鹿支持古人大兄皇子为皇位继承人。古人大兄是舒明天皇与苏我马子的女儿法提郎媛两人所生的皇子，与苏我氏有血缘关系，他的后台自然是势大专横的苏我氏。所以苏我氏大权在握的政治局势若没有改变的话，那么中大兄皇子继承皇位之日将遥遥无期。况且中大兄皇子与古人大兄皇子虽是同父异母的兄弟，生母还是当朝女皇，但他很有可能步山背大兄的后尘，成为苏我入鹿屠刀下新的受害者。因此，无论是为了争夺皇权还是出于自保，中大兄皇子终究要与苏我氏拼个鱼死网破。
世人都认为中大兄皇子是日本著名的政治家和改革家，殊不知，他也是日本历史上鲜有的阴谋家。
这位阴谋家要想推翻专权跋扈的苏我氏，单枪匹马可做不到，必须要寻找可靠的盟友。关键时刻，他遇到了中臣镰足。
皇极天皇三年（公元644年）的一天，中大兄皇子在飞鸟的法兴寺的榉树之下踢蹴鞠，不小心鞋子随蹴鞠而飞，这时，偶然经过的中臣镰足捡起飞落的鞋子，将其置于掌中，上前跪呈，中大兄皇子则对跪敬接。两人初次见面，便一见如故，从此结成盟友，共同对抗苏我氏。
中臣镰足出生于世代负责朝廷祭祀的中臣氏，也是后来称霸日本政坛几百年的外戚藤原氏的祖先。史载他自幼好学，博览群书，尤其爱读中国的政书兼兵法书《六韬》，甚至能将其倒背如流，而且他还师从由大唐归来的僧旻学习周易，如饥似渴地摄取诸多中国先进的知识。
中臣镰足对苏我入鹿的专横极为愤慨，立志打倒苏我氏，实行改革。为此他辞去了祭祀神祇之职，称病隐居于攝津三岛，并在皇室中寻找可以推翻苏我氏的带头人。
最初，中臣镰足将反苏我氏的希望寄于“患脚不朝”的轻皇子，可很快发现轻皇子器量不够，不足以谋大事，只得另觅贤主。经过一番仔细的观察，镰足觉得皇族之中唯有中大兄皇子雄才伟略，可堪大任，于是命运的齿轮开始转动，中大兄皇子与中臣镰足便相识了。
由此可以看出，前面讲到的两人所谓的“偶遇”，不过是中臣镰足精心谋划的结果，这也说明此人也是一位阴谋家。
两位阴谋家的联合，必将搅动倭国的政坛，并改变历史的走向。
此后，两人往来密切，成为知交。为了防止苏我氏的怀疑，他们同拜从大唐归来的南渊请安为师，学习“周孔之教”，并在往返的路上，共谋诛杀苏我氏的大计。
中臣镰足建议中大兄皇子迎娶苏我石川麻吕的长女为妃。苏我石川麻吕是苏我马子之孙，苏我入鹿的堂兄弟，在苏我氏中声望很高且与入鹿不和。
中大兄皇子迎娶石川麻吕的女儿，既可以扩大自身势力，又能分化苏我氏。中大兄皇子欣然同意，镰足亲自做媒。然而就在新婚之夜，石川麻吕的长女乳娘却被苏我日向掳走，石川麻吕焦急万分，束手无策，只得忧惶仰卧，不知所措。
次女远智娘见父亲愁容满面，便问道：“父亲何故如此忧惶？”石川麻吕便将事情的原委告之远智娘。远智娘听罢便说：“父亲无需忧虑，我愿代替乳娘，嫁予皇子。”
石川麻吕听后大悦，便将次女远智娘嫁给了中大兄皇子。
通过政治联姻，中大兄皇子将苏我石川麻吕拉入了自己的阵营，紧接着中臣镰足又收拢了宫廷警卫佐伯连子麻吕，海犬养胜麻吕，葛城稚犬养连网田等人，共同组成了秘密同盟。
皇极天皇四年，公元645年六月，中大兄皇子秘密地与石川麻吕商量，让其利用“三韩进调”之日，唱读表文的时机，杀掉苏我入鹿。所谓的“三韩进调”就是朝鲜半岛新罗、百济、高句丽三国向倭国进贡举行的仪式，当然这是倭人自己的说法。
六月十二日，中大兄诈称此日为三韩上表之日，众人都信以为真。于是皇极女皇、古人大兄、苏我入鹿都齐聚在飞鸟板盖宫的大极殿。中臣镰足深知，苏我入鹿疑心颇重，日夜剑不离身，幸亏俳优道化的劝说，入鹿才放下戒备，解剑入殿。不久，仪式开始，苏我石川麻吕麻吕开始唱读三韩表文，中大兄皇子则乘机命令“卫门府”关闭了所有宫门，并手持长矛，隐藏在殿旁，中臣镰足等人也手持弓矢，借机行事。庄严的朝堂上杀气弥漫，然而苏我入鹿却丝毫没有意识到死亡即将迫近。
按照原计划，石川麻吕开始唱读三韩表文，佐伯连子麻吕和葛城稚犬养连网田本应冲出刺杀苏我入鹿，但此二人却因素日畏惧苏我入鹿，踟蹰不前，迟迟不敢出剑。
石川麻吕惟恐表文读完，子麻吕等人还不动手，不禁大汗淋漓，双手颤抖不止，苏我入鹿感到很奇怪，便问道：“为什么双手不停地抖动啊？”石川麻吕说：“身在女皇近处，心中甚是惶恐不安。”中大兄担心时间久了，恐生事变，于是率先大喝一声，冲进殿内，子麻吕等人也受到鼓舞紧随其后，挥剑砍向苏我入鹿。入鹿的头、肩均被刺伤，苏我入鹿惊恐万分，站起身来，企图逃跑，只见佐伯连子麻吕挥剑砍向入鹿的一只脚。苏我入鹿瞬间倒地，他连滚带爬地移向皇极女皇的御座，叩头求饶，用近乎绝望的口吻说道：“天神之御子，臣不知身犯何罪，请天皇明察！”。事先对政变一无所知的女皇见状，大惊失色，询问中大兄：“究竟是怎么回事？”
中大兄伏地奏曰：“鞍作（苏我入鹿的别名）屠戮皇族，意图篡夺皇位，难道鞍作能够取代天之御子吗？”女皇一听这话，便起身离开，走入内殿中，等于是默认了自己儿子发动的政变。佐伯连子麻吕一剑刺过去，苏我入鹿当即气绝身亡。这一天下着雨，庭中浸水，苏我入鹿的尸体孤零零地躺在雨中，人们草草将草席和纸障盖在入鹿的身上，然后扔在庭院中任凭风吹雨打。
杀了苏我入鹿之后，中大兄皇子率领皇族、大臣在飞鸟寺摆开阵势，准备攻打苏我虾夷的豪宅。苏我虾夷见大势已去，放火烧了宅邸，自焚而死。这样在倭国朝廷翻云覆雨，把持权力四代的苏我氏覆灭了。
这场政变发生在农历乙巳年，所以历史上称之为乙巳之变。乙巳之变是围绕皇位继承而发生一场政变，但联系整个东亚局势，你会发现同一时期的朝鲜半岛三国也先后发生了政变。所以倭国的乙巳之变绝不是孤立事件。
乙巳之变发生的前几年，朝鲜半岛形势骤然紧张，高句丽、百济、新罗三国内政都发生了剧烈的变动。公元642年，高句丽发生政变，泉盖苏文杀了荣留王及其臣下180余人，拥立荣留王的弟弟的儿子高藏为王，泉盖苏文自己为莫离支，独揽大权。同年，百济义慈王亲自率领军队攻打新罗西部，切断了新罗通向唐朝的朝贡之路。内政方面，义慈王进一步强化王权，流放王族、贵族等高位要人40余名。643年，新罗向唐王朝求援，唐朝皇帝以当时的新罗善德王为女子为由，提出废除王位等要求。与此同时，半岛三国之间的斗争日益激烈，而唐朝对半岛的干预也在不断升级，朝鲜半岛诸国的政变消息很快就传到了倭国，毫无疑问半岛三国在经历一番政治动荡后推动了王权的集中，这无疑给倭国造成了影响，而且这时候，唐朝开始和新罗联手，向高句丽和百济施压，进而对倭国朝廷施加了影响，所以乙巳政变是在国内统治危机加重，国外受到唐朝和半岛政治剧变的刺激之下发生的，换句话说，乙巳之变或许与朝鲜半岛乃至整个东亚的局势存在某种联动的关系。
