ceRNA是个啥?
首先肯定要先搞清楚ceRNA是个啥,英文名competing endogenous RNAs,咱给翻译成——竞争性内源RNA。其实简单去理解只要理解一个核心就是,lncRNA可能竞争性结合miRNA,影响miRNA调控mRNA。 它并不是一个新的物种,如果说lncRNA性别为男,miRNA性别为女,ceRNA并不是太监,这时候ceRNA讲的是花前月下的男女朋友(还是出轨呀),当然啦,有些lncRNA很有可能是单身狗。
摘要
基于这样一个知识背景,我们来看那些正儿八经的不花钱不动脑的故事是怎样炼成的,我们还是老办法,先看摘要了解下大概的内容:
看完这个,大家心里就有数了,总结一下就是用TCGA RNA-seq数据构建了TNBC的ceRNA网络,然后做了一个小小的RT-qPCR验证,当然是不怎么花钱的。
咱们老规矩,看图说话,首先就是差异分析的结果,包括mRNA, miRNA, lncRNA三次,作者做了个热图意思一下,这里首先就是咱找到三批差异RNA了。
接下来,这个就是那个著名的几乎都会看到表示下用到的sample临床信息分布情况,让大家知道下病人大体的分布情况。
生存分析
大家这个大家都认识,就是生存曲线嘛,有意思的是作者的描述,4个代表性的基因,小编同学觉得似乎不是很合理。其实这里是作者批量的用K-M法对咱上一步筛选到的差异基因做生存分析,然后选出跟预后相关的,然后作者就这么代表性的放了4个。
大家很容易想到通过差异基因的生存分析会得到一部分lncRNA,miRNA,mRNA,然后就基于这些基于构建网络。大家当然关心这些基因又是怎么构建的嘞,小编给大家找句原文的话,
we selected 66 DElncRNAs that could bind to 24 DEmiRNAs based on miRcode. Then, mRNAs targeted by the DEmiRNAs were searched using two target gene prediction databases miRTarBase and Targetscan,
说白了就是用三个数据库完成lncRNA找miRNA,再用miRNA找mRNA,妥妥的三角恋。
继续往下走,就是自己找了30对sample做了几个qP验证,如果是小编,这样的文章打死不验证,诚然,作者根本就没有继续深入的想法了,做几个qPCR何用,实在想完成动作,完全可以试图找几个其它数据集验证下。
总结陈词
以后本小编要自己给增加一部分总结陈词(奇葩说看多了hh),文献需要具备以下的TCGA数据下载分析能力,批量生存分析的能力,cytoscape构建网络(完全可以做的更好看些嘛),然后就没有然后啦。
从文献整体来看思路实在是简单粗暴,确实是达到了不怎花钱又不动脑的目的,但简单粗暴的教大家灌水实在不是小编同学的本意,它仅仅是一个工具,师傅领进门,修行在个人,数据库的使用,分析方法的使用全在个人。小编同学相信无论是一篇文献,一个人的价值都在于其不可替代性。
似乎好久没有鸡汤,想必这个时候很是合适:势利纷华,不近者为洁,近之而不染者尤洁;智械机巧,不知者为高, 知之而不用者为尤高,污泥不染,知巧不用。出自《菜根谭》
明代 洪应明
与诸君共勉